Arbeidsbeskrivelse

 

Arbeidets gang

 

Tabell 1.0; Viser spesielle forhold vedr. godkjenning av rekvisisjon og prøvemateriale:

l	Bioingeniør som analyserer fæcesprøver, skal gå gjennom rekvisisjonene før/etter innregistrering.
l	Bioingeniør vurderer rekvisisjon i henhold til rekvirerte us. og kliniske opplysninger. Hvis klin. opplysninger mangler, legg inn kom: .KLOM Kliniske opplysninger mangler. Hvis kliniske opplysninger gir grunnlag for andre us. enn de rekvirerte, konferer med medisinskfaglig rådgiver evt. rekvirent. Sletting av rekvirerte us. kan utføres dersom de er uaktuelle i henhold til klinikk.
l	Alle prøvekommentarer som kan legges inn når prøven registreres, legges inn i rekvisisjonsoppføring i hvitt kommentarfelt. HP prøver; resultatregistrering i hvitt kommentar felt.
l	Dersom mottatt fæcesprøve er Rekvirert i Beaker som u.s: Annet, og klinikk tilsier tarmpatogene: VIKTIG: Prosedyren Annet skal IKKE avbrytes 1.       Legg til prosedyre; Tarmpatogene mikrober (LAB1233069000060) 2.       Gå deretter til resultatregistrering, se ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.for hvordan «annet» skal besvares.
l	Dersom det er mottatt prøver på Cary Blair der væsken er tømt ut, skal prøven avbrytes med kommentaren; 510736 Analysen kan ikke utføres. Se rekvisisjonskommentar for utfyllende informasjon. Legg til: Transportmedium er fjernet før tilsetning av fæcesprøve. Vennligst send inn ny prøve på transportmedium. Se for øvrig vår prøvetakingsveileder.

 

NB: Dersom det er oppgitt i kliniske opplysninger om sterk klinisk mistanke om HUS, SKAL prøven SENDES direkte til STO etter PCR-oppsett. Prøven skal da ikke dyrkes ved SL uavhengig av PCR resultat. Ordinær transport kl 1200, utenom ordinær transport bestill taxi i Nissy. Nissy ligger på INNBLIKK under fanen Bestillinger.

Se også:

 

Tabell 1.1 Viser oversikt over hva som skal sendes til STO ved pos PCR:

AKTUELLE AGENS	KLINIKK	PROSEDYRE	MEDIUM
EPEC/ETEC Enteropatogene E.coli	Prøver med kliniske opplysninger om diaré ved opplysninger om reisanamnese i utlandet utenfor Europa*.	Prøven sendes i tillegg STO.	Uten preservering og Cary Blair**)
EIEC Enteroinvasive E.coli	EIEC er enteroinvasive E. coli som er nært beslektet med Shigella flexneri og S. Sonnei. Vanligvis mild diaré, men enkelte pasienter kan få dysenteriliknende bilde med pussholdig, av og til blodig diaré, kraftige abdominalsmerter og feber.	Dyrkes ved SL. Sendes STO for agglutinering.	Uten preservering og Cary Blair**) Isolat skal sendes dersom påvist ved dyrkning
EHEC Enterohemorragiske E.coli (Shigatoxin)	Prøver med følgende kliniske opplysninger skal videresendes SOH for EHEC-us: -Mistanke om hemolytisk-uremisk syndrom (HUS) -Alle med blodig diaré/hemoragisk kolitt - Diaré hos barn under skolealder (< 5 år), Langvarig diaré (> 2 uker) hos eldre i sykehjem/sykehus, og hos immunsuprimerte pasienter	Fæces prøve sendes STO for dyrkning. Sending autorekvireres når positiv. (F-E.coli, enterohemoragisk (EHEC) dyrkning)	Uten preservering og Cary Blair**)

*: Aktuelle land utenfor Europa er Asia, tropiske områder, mellom Amerika/Karibien, og utviklingsland. Se også under relatert, en oversikt over land/ulike verdensdeler.

ALM-MM-Prøvemottak; Rekvirering og sending av prøver til SOH

ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.

v  Glass uten tilsetting i rom temperatur kan benyttes dersom transport <1 time. Dette vil stort sett gjelde for pasienter som er inneliggende på sykehuset Levanger, og på prøver som blir bringt laboratoriet rett etter prøvetaking. Ved utsæd etter >1 t må prøven oppbevares i kjøleskap (inntil 24 t). Gjelder ved dyrkning.

v  **Cary Blair transportmedium dersom transport i rom temperatur >1 time. Ved utsæd etter >24 t må prøven oppbevares i kjøleskap (inntil 48 t).

v  For klargjøring og sending av disse prøvene se under kapittel: Svarrapportering.

 

Valg av skåler/buljonger:

 

NB: Enkelte prøver skal, uavhengig av PCR screening, dyrkes.

Vårt panel «Entericpanel» detekterer ikke alle tarmpatogene bakterier. Se tabell 1.2 for hvilke tarmpatogene som påvises på BDMAX.

 

Tabell 1.2 viser oversikt over hvilke tarmpatogene som detekteres på BDMAX:

BDMAX Entericpanel EXT 46

Salmonella arter

Campylobacter-arter (jejuni og coli)

Shigella-arter / Enteroinvasive E. coli (EIEC)

Shigatoksin 1 (stx1)- / shigatoksin 2 (stx2)-gener (finnes i shigatoksinproduserende E. coli (STEC)) samt i Shigella dysenteriae, som kan ha et shigatoksingen (stx) som er identisk med stx1-genet til STEC.

Plesiomonas shigelloides

Vibrio (V. vulnificus, V. parahaemolyticus og V. cholerae)

Enterotoksigene varmeustabile enterotoksingener (LT) / varmestabile enterotoksingener (ST) i Escherichia coli (ETEC)

Yersinia enterocolitica

 

Ved gitte kriterier skal prøven(e) dyrkes i tillegg til screening panelet.

 

Dette gjelder for følgende kriterier:

 

v  Immunsupprimerte pasienter.

v  Opplysninger om Ileitt, dyrkes med tanke på Yersinia pseudotuberkulosis.

v  Negativ PCR og fortsatt sterk mistanke om infeksiøs gastroenteritt, dyrkes dersom kliniker ber om det.

v  Opplysninger om inntak av sjømat/skalldyr, dyrkes mtp bla Aeromonas spp.

v  Reiseanamnese, dyrkes i tillegg spesielt med tanke på Aeromonas spp og Shewanella spp og prøven skal i tillegg sendes STO for EPEC/ETEC. (Se under relatert for hvilke land som er aktuelle her). Se også tabell 1.0.

For alle disse gjelder dyrkning, i tillegg til PCR screening, med oppsett på alle tilgjengelige skåler og buljonger. Se tabell 1.3, følg kolonnen for; Patogene tarmbakt.

Vær spesielt obs på prøver med spesielle kliniske opplysninger:

 

Ved opplysning om langvarig diaré (>2 uker) hos: Eldre i sykehjem/sykehus og hos immunsupprimerte pasienter.

Fæcesprøve SKAL da såes ut på 2 CCDA-skåler. For å kunne inkubere i 2 ulike temperaturer. For mer utfyllende info, se under fremgangsmåte.

 

Immunsupprimerte – betegnelse benyttet om en person med nedsatt motstandskraft mot sykdommer av ulike årsaker, for eks.:

v  Gravide. (Er ikke def. som sykdom, men pga at graviditet er en spesiell situasjon
hvor infeksjoner krever stor oppmerksomhet og detaljert oppfølging av

mor og foster, og kan derfor representere en diagnostisk utfordring.)

v  Svært underernært eller de med anoreksi,

malign sykdom eller annen fremskreden kronisk sykdom

v  Behandling med cytostatika eller steroider i høy dose over et lengre tidsrom, immunsuppresjon

v  Lavt granulocytt tall uansett årsak

v  Har fått diagnosen AIDS etter gjeldende definisjon

 

Tabell 1.3: Viser valg av medier og inkubering:

MIKROBE	SS/XLD  35°C	CIN 29°C	*CCDA 42°C, mikroaerofilt	TCBS 35°C	SEL-bulj.,35°C	SEL-bulj.,22°C
Inkubator	I12	I11	I9	I12	I12	Romtemp
Patogene tarmbakt.	X	X	X	X*	X	X
Positiv på enkelt parameter eller kontrollprøver:
Salmonella/Shigella	X				X
Campylobacter			X Legg på Aztreonam lapp i første kvadrant.
Yersinia spp		X				X
Vibrio spp				X
Plesiomonas spp Aeromonas spp Shewanella spp	X	X		X	X

*) Ved spesielle kliniske opplysninger skal CCDA-agar også dyrkes ved 35 °C. TCBS-agar ved opplysninger reiseanamnese eller inntak av sjømat/skalldyr.

Clostridioides difficile

Se: ALM-MM-PCR; Påvisning av Clostridioides difficile toksin B (tcdB) BD MAX (Ikke tilgjengelig)

 

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

Utstyr til utsæd dag 1:

1 stk SS/XLD-agar skal stå lysbeskyttet.

1 stk CIN-agar

1 stk CCDA-agar

1 TCBS agar skal stå lysbeskyttet.

Selenittbuljong 2 stk.

Utsæd dag 2 fra selenitt buljong:

1 stk SS/XLD-agar

1 stk CIN-agar.

Alle skåler skal romtempereres før utsåing/bruk.

Selenittbuljong oppbevares i romtemperatur og er klar til bruk.

 

Intern kavlitetskontroll

 

NB: Campylobacter kontroll skal spres hver dag, selv om det ikke såes ut pasientprøver den aktuelle dagen.

 

Alle lufttette bokser som benyttes til dyrkning av Campylobacter spp skal ha med en vekstkontroll. Gjelder også ved dyrkning ved 35-37°C. Hensikten med kontroller i kolbene er å kontrollere det mikroareofile miljøet i kolbene. C. jejuni vokser optimalt i temperaturer fra 37-42°C.

Kontrollstamme Campylobacter jejuni CCUG 11284 spres på en CCDA-agar. Avleses etter 2 dager, sammen med pasientprøvene. Resultat av vekstkontroll skal føres i skjema som ligger på Teams i mappen kontroller, filnavn: registreringsskjema for daglige og ukentlige kontroller, under fanen CAJE CCUG 11284.

 

Usikkerhetsbidrag, feilkilder og interferens

 

Gjelder ved dyrkning: For lang transporttid kan føre til at bl.a Shigella-/ Campylobacter- bakterier i prøven dør.

Se også under de enkelte fæces prosedyrene for usikkerhetsbidrag, feilkilder og interferens.

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

 

Bestill Tarmpatogene mikrober: F-Tarmpatogene mikrober LAB1233069000060.

Utsåing av fæces skal utføres i sikkerhetsskap iført gul smittefrakk og hansker.

Generelt gjelder at det skal kjøres 2 oppsett hver virkedag på BDMAX.

v  Oppsett 1: Prøver som skal settes opp før kl 1000

v  Oppsett 2: Prøver som skal settes opp ca kl 1430.

v  Oppsett 3: Spesiell klinikk som skal dyrkes i tillegg til screening PCR analyser.

Helg/helligdager: Oppsett fortrinnsvis litt utpå dagen. Alle fæcesprøver skal i tillegg såes ut på CCDA-agar samt 2 stk. selenittbuljong. Se fremgansmåte for oppsett 2.

Parasitt panel kjøres ikke i helgene. Alle fæcesprøver som kjøres i helgene settes i eget stativ i vekksett kjøleskap på prøveplassen: Rom nr: B0 60, kjøleskap: K2 for oppsett av parasitter mandag.

For disse gjelder følgende:

v  Oppsett 1: Dersom ingen kliniske opplysninger som tilsier dyrkning i tillegg til PCR, skal disse ikke såes ut før PCR svar foreligger. Ved positivt skal det såes ut på det aktuelle påviste agens. Se tabell 1.3.

v  Oppsett 2: Alle prøver som settes opp skal i tillegg såes ut på CCDA-agar og tilsettes i 2 selenittbuljong. Benytt etiketter for Entericpanel. Skriv på dato på CCDA-agar og selenittbuljong husk også å skrive på romtemp og 35°C på respektive selenittbuljonger. Inkuberes som angitt.

NB: Vær også her obs på spesielle kliniske opplysninger, dersom noen ligger innenfor oppgitte kriterier skal det i tillegg til PCR screening, såes ut for alle aktuelle agens. Se tabell 1.3, følg Patogene tarmbakt.

v  Oppsett 3: Dyrkning bestilles på Entericpanel. Gå i resultatregistrering. «Hak» av på F-Tarmpatogene bakterier PCR:

Velg deretter aktuelle agens for dyrkning jfr. Tabell 1.3 for Patogene tarmbakt. Disse ligger nederst i bildet som såkalte knapper:

Under Mer (se utklipp) kommer de andre aktuelle agens for dyrkning opp. Dersom mistanke om Shewanella, Plesiomonas og Aeromonas spp skal F-Bakteriedyrkning velges.

Følg deretter fremgangsmåte som oppgitt under:

1.	Lapp alle aktuelle skåler og rør med respektive etiketter.
2.	Så ut på aktuelle skåler, jfr tabell 1.3.
3.	Cary Blair: Prøven blandes godt (eventuelt på vortexmikser) før utsæd for å få en jevn suspensjon.
4.	Drypp en dråpe av suspensjon på aktuell skål og spre i 3 kvadranter med blå øse får å oppnå enkeltkolonier.
5.	Tilsett ca 0.5 ml suspensjon til hver av 2 selenittbuljong. Vortex lett etter tilsetning.
6.	Uten preservering: Benytt blå øse dersom fæces er i fast form. Dypp blå øse i fæces, så ut på aktuell(e) skål(er). Dypp deretter øsen pånytt i fæcesprøve, og tilsett denne i selenittbuljong. Kast øsen, dypp en ny blå øse i fæcesprøven og tilsett i den andre selenittbuljongen. Vortex lett etter tilsetning.
7.	Mottatt fæces i løs form, følg utsæd som for Cary Blair.

 

v  CIN-skåler skal settes i stativ med hette over og inkuberes ved 29°C.

v  SS/XLD og ev TCBS-skåler settes i stativ med hette over og inkuberes ved 35°C. NB: ETTER UTSÆD MÅ AGAR LYSBESKYTTES INNTIL DE SKAL VURDERES.

v  1 selenittbuljong settes i stativ og inkuberes sammen med SS/XLD-skålene.

v  Den andre selenittbuljongen inkuberes ved 22°C (romtemperatur).

v  Oksygen kan være toksisk for Campylobacter spp. Vær rask med inkubering i mikroaerofil atmosfære. CCDA-skåler settes i en kolbe og pakkes umiddelbart med GenBox mikroaerofil konvolutt. Inkuberes ved 42°C i 2 dager. Husk internkontroll.

Ved spesielle kliniske opplysninger:

For dyrkning i 35 °C:

Skål settes sammen med GeNbox-mikroaerofile

konvolutter i egen kolbe/bokser, husk; skriv på etikett på agar 35 °C, kolbe settes i inkubator I12 sammen med salmonella dyrkning. Husk internkontroll.

Inkuberes i 2 døgn.

 

Vurdering

 

Se under de enkelte fæcesprosedyrene.