Arbeidsbeskrivelse

 

Ansvar

 

Fagbioingeniør faggruppe II, har ansvar for vedlikehold av denne prosedyren. Alle som er opplært i Vibrio spp., Shewanella spp., Aeromonas spp. og Plesiomonas shigelloides har ansvar for å følge denne prosedyren.

 

HMS/sikkerhetsinformasjon

 

Fæcesprøver SKAL såes ut i sikkerhetsskap

Benytt hansker og smittefrakk ved utsåing av prøver og spredning av selenitt. Jobb i sikkerhetsskap. Alt etterarbeid SKAL gjøres i avtrekksskap.

 

Arbeidets gang

 

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

 

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos.

 

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

Se EQSID: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

 

Feilkilder og interferens

 

·         For lang transporttid til laboratoriet.

·         For lav eller for høy temperatur under inkubering.

I helger/høytider, dersom det ikke blir tid til å vurdere skålene, skal skålene settes i kjøleskap etter 1 døgns inkubasjon. Skålene pakkes da i plastpose.

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

 

Det er kun Vibrio spp som er selektiv dyrkning. For positiv Vibrio spp, trykk på Vibrio dyrkning. For de andre trykk på F-bakteriedyrkning.

Utsæd ved positiv PCR og kontrollprøver

Ved positiv PCR samme dag som mottatt prøvemateriale brukes primærprøven.

Ved positiv PCR fra kvelden før brukes selenittbuljong 36°C til utsæd.

Skålene og buljongene inkuberes i 36°C

Vibrio spp

v  TCBS

v  Selenittbuljong (sløyfes hvis utsæd er fra selenittbuljong)

Plesiomonas spp

v  SS/XLD

v  MacConkey

v  TCBS

v  Selenittbuljong (sløyfes hvis utsæd er fra selenittbuljong)

 

Videre arbeid/identifisering:

 

Tabell 1.0 viser forventet morfologisk oppvekst:

Medier	Shewanella spp, Aeromonas spp. og Plesiomonas shigelloides	E.coli
SS-agar	Lyse rosa/røde kolonier/farveløse	Hovedsakelig mørkerosa/knall rosa kolonier.
XLD-agar		Hovedsakelig gule/ugjennomsiktige kolonier.
MacConkey-agar	Lys rosa/brunlige/farveløse kolonier. Ikke lactosefermenterende. Dvs: alle kolonier som ikke er rosa skal identifiseres med Maldi-tof.	Rosa kolonier. Hovedsakelig er det 97-99% som er lactose fermenterende.
CIN-agar	Ikke beskrevet. All vekst må identifiseres.	ikke akt
TCBS-agar	Kan vokse som grønne kolonier. Men dette er ikke godt nok beskrevet for denne agar, all vekst må identifiseres med Maldi-tof.	Ikke akt
TCBS-agar	Vibrio spp	Ikke akt
	Vibrio cholera og Vibrio furnissi vokser som gule kolonier.
	Vibrio parahaemolyticus vokser som grønne kolonier

For Shewanella, Aeromonas og Plesiomonas spp er det beskrevet lite i litteraturen om forventet morfologisk vekst på SS/XLD- TCBS- og CIN agar, men det er beskrevet i metodens begrensninger at disse stammen kan vokse på de ulike medier.

Inkuberes i 1 døgn ved 36°C, vurdering de ulike agarer:

XLD-agar:

Alle suspekte kolonier, dvs de som IKKE er gule skal identifiseres på Maldi-tof.

Identifisering av Aeromonas/Plesiomonas må ha >2 i score. Dersom lavere score, renspre isolatet og sett opp ny Maldi-tof fra renspredning.

Spre stammen til SS/XLD-agar og MacConkey agar som renhetskontroll og for å ha materiale til sikker Id, frysing og ev sending.

SS-agar:

Alle suspekte kolonier, dvs de som IKKE er rosa skal identifiseres på Maldi-tof.

MacConkey-agar:

Alle suspekte kolonier som ikke spalter lactose (vokser som farveløse, blanke eller svakt rosa kolonier) skal identifiseres med Maldi-tof.

TCBS-agar:

Forventet oppvekst:

Vibrio spp vil vokse som gule eller grønne kolonier. Tilstedeværelse av gule kolonier indikerer vekst av Vibrio cholera eller Vibrio furnissii. Grønne kolonier indikerer vekst av Vibrio parahaemolyticus.

 

Alle suspekte kolonier skal identifiseres med Maldi-tof.

CIN-agar: All vekst på denne agar skal identifiseres med Maldi-tof.

 

Selenittbuljong:

Etter 1 døgns inkubering spres selenitt-buljongen med blå-øse til SS/XLD og TCBS-agar som merkes med selenitt-buljong inkuberes videre i 1 døgn. Spredning fra selenitt vurderes likt som SS/XLD og TCBS-agar fra primær utsæd. Merk at det dersom dyrkes mtp klinikk så skal CIN-agar og MacConkey agar ogsås såes ut.

 

Følsomhetsbestemmelse

 

Funn i blodkultur/sterile materialer skal ALLTID besvares med følsomhetsbestemmelse. Konferer med mikrobiolog. For blodkultur/sterile materialer se også under svar fra FHI.

 

·         Oppsett på MH-agar, lappediffusjon

·         0,5 MacFarland i NaCl

 

Følsomhetsbestemmelse skal gis ut i disse tilfellene (gjelder for alle funn):

·         Etter ønske fra rekvirent.

·         Nye funn fra innlagte pasienter i sykehus og sykehjem

·         Immunkompromitterte.

·         Funn hos barn < 2 måneder.

·         Funn fra blodkultur.

·         Gravide. Konferer mikrobiolog.

For følsomhets.best. av Vibrio spp. og Shewanella spp.: konferer mikrobiolog.

Tabell 1.1 Viser oppsett av følsomhets.best. for Vibrio spp.

Vibrio spp
Antibiotika	Intern	Ekstern
Trimetoprim-sulfa	M1	M1
Tetrasyklin	M1	M1
Doksysyklin	M1 Utledes fra tetrasyklin	M1 Utledes fra tetrasyklin
Piperacillin-tazobaktam	M1	M3
Erytromycin	M1	M1
Cefotaksim	M1 (ikke V. fluvialis).	M3
Ceftazidim	M2	M3
Ciprofloxacin	M2	M2
Azitromycin	M2	M2
Meropenem	M3	M3

 

Tabell 1.2 Viser oppsett av følsomhetsbestemmelse av Aeromonas spp. og Plesiomonas spp.

Aeromonas spp. og Plesiomonas spp.
Antibiotika	Lappediffusjon
Trimetoprim-sulfa	M1
Ceftazidim	M1
Ciprofloxacin	M2
Aztreonam	M3

 

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

 

NB: Ved mistanke om utbrudd og/eller smitte overført fra næringsmidler skal alle funn sendes og meldes FHI. Kommuneoverlege og andre instanser skal varsles. Konferer mikrobiolog.

 

Definisjon av nytt funn: > 3 mnd.

Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd. etter siste prøve (gjelder også ved ev. sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.

 

Se også: ALM-MM-Bakt; Varsling, frysing og videresending av bakterieisolat.

 

Tabell 1.3 Viser oversikt over hvilke agens som skal meldes, sendes og fryses.

Mikrobe	Meldes FHI	Sendes FHI	Fryses
Vibrio spp.	JA	JA	JA Fryses her:  Frysskjema boks 5, se også under relatert.
Shewanella spp.	JA	NEI
Aeromonas spp.	NEI	NEI
Plesiomonas spp	NEI	NEI

 

Primær-agar oppbevares på benk til prøven er blitt identifisert og frosset ned.

Svarrapportering

 

NB: Det er kun Vibrio spp og Plesiomonas spp som påvises ved vår PCR metode.

Funn av Vibrio spp. og Shewanella spp. skal besvares i samråd med mikrobiolog.

 

For Vibrio spp og Plesiomonas spp: Dersom negativ PCR, men oppvekst ved dyrkning mtp spesiell klinikk, konferer fagansvarlig- eller spesialbioingeniør.

Dersom overvekst av andre bakterier legg inn kommentaren .MOA

Negativ PCR, men dyrket i tillegg mtp spesiell klinikk

 

Positiv dyrkning:

Besvarelse av de ulike agens er beskrevet under aktuelle agens.

 

Positiv PCR på Vibrio spp og Plesiomonas spp

 

Negativ dyrkning:

Vibrio spp.

NEG

.STVD

 

Positiv dyrkning:

Meldeplikt. Ved nytt funn av

Vibrio spp.:

V

Legg inn mikrobenavn.

.SMITTE

.NMSY

.KAR2

 

Plesiomonas shigelloides (spp.):

Negativ dyrkning:

NEG

.STVD

Positiv dyrkning:

V

Legg inn mikrobenavn.

.KAN2 Dersom følsomhetsbestemmelse gis ut i svaret slett: Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistenstesting.

 

Shewanella spp og Aeromonas spp

 

Negativ dyrkning:

Nevnes ikke, og F-bakt avbrytes med annet intern.

Ved vekst av:

Shewanella spp.:

V

Legg inn mikrobenavn.

.SMITTE

.NMSY

 

Aeromonas spp.:

V

Aeromonas spp

Legg inn følgende kommentar manuelt: Våre metoder kan ikke skille mellom de ulike Aeromonas spp.

.KVÅG Dersom følsomhetsbestemmelse gis ut i svaret, slett: Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistenstesting.

 

Kontrollprøver:

Positiv
V
Legg inn aktuell mikrobenavn.
Fjern ev meldeplikt
Negativ
Vibrio spp	NEG
Plesiomonas spp, Shewanella spp og Aeromonas spp	Besvares med se kommentar: Leg deretter inn aktuell spp, og kommentaren ikke påvist.

 

Sending av stammer

 

Alle kliniske førstegangsisolater av Vibrio cholerae og Vibrio parahaemolyticus sendes som renkultur til FHI. Isolater skal sendes inn for videre undersøkelse dersom det ikke med høy sannsynlighet kan utelukkes å være en av de to ovennevnte species. Isolater som påvises ved eventuelt sykdomsresidiv mindre enn 3 måneder etter siste positive prøve skal ikke sendes inn med mindre det foreligger grunn til å mistenke reinfeksjon. Dersom Vibrio cholera eller Vibrio parahaemolyticus isoleres fra ulike prøvematerialer (for eksempel blod eller fæces), bør førstegangsisolatet fra «det klinisk mest alvorlige» materialet sendes inn.

Aeromonas spp og Plesiomonas spp. er ikke meldings- eller varslingspliktig til MSIS. Men ved utbrudd eller ved mistanke om overføring med næringsmidler skal kommuneoverlege, Folkehelseinstituttet og andre instanser varsles.

 

Def av mistenkt utbrudd fra FHI:

·         To eller flere tilfeller av samme sykdom som mistenkes å ha felles kilde, eller

·         et antall tilfeller som klart overskrider det man ville forvente

(det endemiske nivået - det normale bakgrunnsnivået av sykdommen)

innenfor et område i et gitt tidsrom.

Kilde: Definisjon av utbrudd FHI

Det er FHI som overvåker ev utbrudd. FHI kontakter lab dersom de mistenker at meldte funn kan være en del av et pågående utbrudd. Stammen tas da opp fra fryser, såes ut på aktuell agar, jfr funn til sending. Se også; Sending av stammer

 

Tabell 1.4 viser oversikt oversending.

Sendes til	Sendes på Copan Eswab m/hvit kork	Stammer som skal sendes
FHI		Alle Vibrio spp SKAL sendes rutinemessig.   Ved mistanke om utbrudd eller mistanke om overføring med næringsmidler : Aktuell stamme skal da sendes.

 

·         Fyll ut mottakers rekvisisjon.

·         Rekvisisjonen skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring. For HP scannes inn i resultatregistrering.

 

Rekvisisjon til forsendelse FHI: se under relatert.

Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr: B0 63.

For rekvirering og sending av stammer se: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

 

Svar fra FHI:

 

Endelig svar på spp nivå:

Se tabell 1.5 for ev kommentarer som skal være med i svarrapport. Kommentaren .FBRE skal alltid ut når svar fra FHI foreligger.

 

For fæcesprøver:

v  Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Legg inn ID på species nivå. Se også tabell 1.5 for ev kommentarer som skal ut i tillegg.

 

For blodkultur/sterile materialer:

v  Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Legg inn fullstendig svar fra FHI. Dersom det er ulikheter på følsomhetsbestemmelse korrigeres dette. Se tabell 1.5.

 

Svarrapport skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes inn i resultatregistrering.

Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning.

Se også: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.

Tabell 1.5 Viser forklaring av kortkoder:

KODE	TEKST
.FBRE	Funnet bekreftet av referanselaboratoriet
.FØL	Følsomhetsbestemmelse kan utføres hvis ønskelig. Vennligst gi beskjed innen 1 uke.
.GIIA	Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles
.KJ	Kjent fra tidligere
.MOA	Mikroben lar seg ikke påvise. Mediet er overvokst av annen flora.
.NMSY	Meldingsplikt
.REFTIL	Stammen sendes til referanselaboratorium for nærmere identifisering.
.SMITTE	For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer..
.STVD	Stammen lar seg ikke påvise ved dyrkning.
.REL	Referanselaboratoriets resistenstesting samsvarer med tidligere besvart resistensoppsett.
.RER	Referanselaboratoriets følsomhetstest samsvarer ikke med tidligere besvart følsomhetstest. Referanselaboratoriets svar bør vektlegges tyngst.
.KVÅG	Kan være årsak til gastroenteritt. Kan også forekomme som en del av normalflora. Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles. Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistenstesting
.KAN2	Kan være årsak til gastroenteritt. Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles. Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistenstesting