ALM-MM-Fæces; Salmonella dyrkning v. 3.1

Arbeidsbeskrivelse

 

Ansvar

 

Fagbioingeniør faggruppe II, har ansvar for vedlikehold av denne prosedyren. Alle som er opplært i salmonella-dyrkning har ansvar for å følge denne prosedyren.

 

HMS/sikkerhetsinformasjon

 

Fæcesprøver SKAL såes ut i sikkerhetsskap

Benytt hansker og smittefrakk ved utsåing av prøver og spredning av selenitt. Jobb i sikkerhetsskap. Alt etterarbeid SKAL gjøres i avtrekksskap.

 

Arbeidets gang

 

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

 

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos.

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

SS/XLD Agar romtempereres før bruk.

Selenittbuljong oppbevares i romtemperatur ved fæces arbeidsstasjon.

 

Feilkilder og interferens

 

SS Agar:

Noen Salmonella og Shigella arter kan hemmes på dette mediet. Noen Salmonella arter produsere ikke sorte kolonier. Andre mikroorganismer kan vokse på dette mediet. Alle suspekte kolonier SKAL identifiseres med Maldi-toff.

 

XLD Agar:

Andre mikroorganismer kan vokse på dette mediet. Pseudomonas spp kan vokse som røde kolonier på dette mediet. Proteus spp. kan vokse med sorte /grålige kjerner. Fargeomslag skal kun tolkes som suspekte kolonier og SKAL identifiseres med maldi-tof. 

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

 

Se også: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

Tabell 1.0: Viser oversikt over utsæd av positiv PCR som såes ut. Og/eller ved spesiell klinikk.

Kriterier

Prøvemateriale

Medier

Inkubering

Positiv PCR dagtid

Fæces (fortrinnsvis med preservering)

SS/XLD-agar

Selenittbuljong.

36°C i inkubator I12

Positiv PCR ettermiddag

Selenittbuljong*

SS/XLD-agar

 

Kontrollprøver

Fæces (fortrinnsvis med preservering)

SS/XLD-agar

Selenittbuljong

Spesiell klinikk

ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

*Selenittbuljong inkubert i 24 timer.

 

Videre arbeid/identifisering

 

Tabell 1.1: Viser forventet morfologisk oppvekst.

Forventet morfologisk vekst på XLD Agar

Isolat

Morfologisk vekst

Salmonella, Edwardisella spp

Røde kolonier med sort kjerne.

Shigella, Providencia, H2S-negative Salmonella spp.

Røde kolonier

Escherichia, Enterobacter, Citrobacter, Proteus, Serratia Klebsiella spp.

Gule/ugjennomsiktige kolonier.

Forventet morfologisk vekst på SS Agar

Isolat

Morfologisk vekst

Salmonella spp

Gjennomsiktige (farveløse) kolonier med sort kjerne.

Shigella spp.

Gjennomsiktige (fargeløse) kolonier

Proteus spp.og Citrobacter spp.

Gjennomsiktige (farveløse) kolonier med grå/sort kjerne.

 

Vurdering av vekst på SS/XLD agar:

 

Etter 1 døgn ved 36°C, vurderes agar:

XLD Agar: Se etter røde kolonier, eller røde kolonier med sort kjerne.

SS Agar: Se etter gjennomsiktige (farveløse) kolonier med sort kjerne.

Alle suspekte kolonier skal indentifiseres på Maldi-tof.

 

Videre arbeid med Selenittbuljong:

Alle spredninger skal inkuberes i 1 døgn ved 36°C i inkubator I12.

Negativ PCR, men utsæd mtp klinikk:

1.       Skåler og buljong skal vurderes selv om det er negativt ved PCR, vurderes som vurdering av SS/XLD-agar og selenittbuljong.

Positiv PCR dagtid:

1.       Vurder SS/XLD-agar. Selenittbuljong skal ikke såes ut dersom det er funn på primær-agar.

2.       IV eller negativ SS/XLD-agar: Så ut selenittbuljong med blå øse.

3.       Dersom spredning med blå øse viser overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.

Positiv PCR kveld:

1.       Så ut selenittbuljong på SS/XLD-agar med blå øse.

2.       Dersom det er overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.

Vurder vekst som beskrevet ovenfor. Vurdering av vekst på SS/XLD agar.

Se også tabell 1.1.

 

NB:

Maldi-TOF skiller ikke mellom ulike Salmonella species. Salmonella kommer enten ut som Salmonella spp. eller Salmonella typhi. Om Salmonella kommer ut som Salmonella typhi betyr ikke dette nødvendigvis at det er en reel Salmonella typhi. Rekvirent får beskjed om funn av Salmonella spp., stammen er sendt FHI for identifisering til speciesnivå (se under Svarrapportering).

Ved uren vekst av primærutsæd/utsæd fra selenittbuljong så skal koloni spres til SS/XLD Agar og blod-agar for renhetskontroll, dette for å ha materiale til sending og frysing.

For Aeromonas spp. eller Shewanella spp. disse detekteres ikke ved kjøring på vårt enteric panel. Dersom Id av disse på suspekte kolonier se ALM-MM-Fæces; Vibrio spp, Shewanella spp, Aeromonas spp og Plesiomonas shigelloides dyrkning.

 for videre arbeid.

 

Følsomhetsbestemmelse

 

Følsomhetsbestemmelse gjøres på alle nye funn fra inneliggende pasienter.

På alle funn av S. typhi og S. paratyphi.

Funn av Salmonella spp i blodkultur/sterile materialer skal ALLTID besvares med følsomhetsbestemmelse. For blodkultur se også under svar fra FHI.

·         Oppsett på MH-agar, lappediffusjon.

·         0,5 MacFarland i NaCl

Tabell 1.2: Midler det skal testes på:

Antibiotika

lappediffusjon

Inne

Primærhelstj.

CiprofloxacinX

M1

Rapporter

Rapporter

Cefotaxime

M1

(MS)

Rapporter

 

Ceftriakson

M1

Rapporter

 

Trimetoprim-sulfa

M1

Rapporter

Rapporter

Ceftazidim

M2

(MS)

 

 

Meropenem

M2

(MS)

 

 

M1= Førstehåndsmidler

M2= Andrehåndsmidler, besvares kun dersom M1 er resistente

MS: Screening for følsomhetsmekanismer her ESBL

X:

Ved sone > 32 rapporteres S

Ved sonediameter < 30 besvares R

Ved sonediameter 30-32. Sendes isolat til SOH for res.best på pefloxacin.

NB for ciprofloxacin:

Se NordicAST for brytningspunkt Salmonella spp.

Salmonella spp. har ikke samme brytningspunkt for ciprofloxacin som andre Enterobacterales.

 

Ved besvarelse av følsomhetsbestemmelse konferer alltid med mikrobiolog

 

Følsomhetsbestemmelse skal gis ut i disse tilfellene:

·         Etter ønske fra rekvirent.

·         Nye funn fra pasienter i helseinstitusjoner

·         Immunsupprimerte.

·         Funn hos barn < 2 måneder.

·         Salmonella spp. fra blodkultur.

·         Hos pasienter med langvarig diaré (>2 uker).

·         Gravide. Konferer mikrobiolog. Dersom ingen følsomhetsbestemmelse utgis ta da med følgende kommentarer: .GIIA og .FØL.

Tolkning ved ESBL se: ALM-MM-Res; ESBL av Enterobacterales, Pseudomonas sp, Acinetobacter sp

Ved mistanke om ESBLCARBA konferer alltid med mikrobiolog.

 

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

 

Alle 1. gangs isolater skal:

v  Meldes elektronisk (skriftlig) og telefonisk til rekvirent.

v  Meldes FHI

v  Alle funn skal fryses. Skal føres her: Frysskjema I boks 5.

v  Referanse lab: Isolatet sendes i renkultur til FHI for verifisering/nærmere identifisering/serotyping av stammen.

v  Se også ALM-MM-Bakt; Varsling, frysing og videresending av bakterieisolat.

 

Definisjon av nytt funn er > 3 mnd:

 

Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd. etter siste prøve (gjelder også ved ev. sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.

 

Svarrapportering

 

Primær-agar oppbevares på benk til prøven er blitt identifisert og frosset ned.

Svar fra FHI: Dersom innsendt Salmonella viser seg å være S. typhi eller S. parathypi vil FHI ringe MM og informere om dette, slik at rekvirent kan varsles og følsomhetsbestemmelse kan gis ut. Dette tar ikke mere enn 1 uke etter at stammen er sendt inn. (FHI vil ringe ut kliniske viktige isolater).  Legg da inn kommentar i lab kommentarfeltet at id er ringt inn fra FHI.

Id på stamme skal da ringes ut til rekvirent. Husk kom.logg.

NB: Dersom prøven i tillegg er dyrket mtp spesiell klinikk, så skal Salmonella dyrkning besvares uavhengig av PCR resultat.

Se også: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.

 

Alle nye funn meldes ved positiv PCR.

 

Negativ PCR, men dyrket i tillegg mtp spesiell klinikk

 

Dersom prøven i tillegg er dyrket mtp spesiell klinikk så skal Salmonella dyrkning alltid besvares.

Sannsynligheten for neg PCR og positiv dyrkning er svært liten. Konferer med fagansvarlig- eller spesialbioingeniør dersom dette skulle forekomme.

 

Negativ dyrkning:

 

Besvares Negativ i kulturfanen.

 

Positiv PCR

 

Negativ dyrkning:

NEG

.STVD (kommer automatisk opp når kulturfanen besvares negativ).

 

Positiv dyrkning:

NB: Alle nye påviste Salmonella. spp skal sendes FHI for agglutinasjon av Salmonella.

NB: S.typhi og S.paratyphi skal alltid besvares med følsomhetsbestemmelse.

 

Nytt funn av Salmonella spp:

Endelig svar:

V (vekst av): Salmonella spp.

.GIIA (skal ikke ut dersom følsomhetsbestemmelse gis ut).

.STFR (Skal ikke være med dersom følsomhetsbestemmelse gis ut).

.REFTIL: Stammen sendes til referanselaboratorium for tilleggsanalyse.

Slett tilleggsanalyse og legg til manuelt; nærmere identifisering.

Svar forventes om ca 1 uke.

.SMITTE

.NMSY

Svaret resultatkorrigeres når svar fra FHI foreligger. Gjelder for alle.

Kontrollprøver:

Tabell 1.3:

Positiv

V

SASP

.SMITTE

.KJ

Fjern flagget for meldepliktig.

Negativ

NEG

 

Sending av stammer

 

Stammer til sending skal alltid spres til blod og SS/XLD Agar for å sikre at de sendes i renkultur.

Tabell 1.4: Sending av stammer:

Kriterier for sending

Sendes til

Sendes på Copan Eswab m/hvit kork*

Alle funn

FHI
(Referanselab)

 

*Isolat skal alltid sendes på Copan Eswab.

·         For FHI: fyll ut mottakers rekvisisjon.

(Dersom isolatet av en eller annen grunn sendes SOH rekvireres sending i Beaker).

·         Rekvisisjonen skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring for HP scannes inn i resultatregistrering.

 

Rekvisisjon til forsendelse FHI: se under relatert.

Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr: B0 63.

For rekvirering og sending av stammer se: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

 

Svar fra FHI:

 

Endelig svar på spp nivå:

Tabell 1.5: Viser kommentarer som ev skal være med i svarrapport. Kommentaren .FBRE skal alltid ut når svar fra FHI foreligger.

Kriterier ved besvarelse fra FHI

KODE UT I SVARRAPPORT

Id bekreftet av referanselaboratoriet

.FBRE

Samsvar av følsomhetsbestemmelse

.REL

Avvik av følsomhetsbestemmelse

.RER

 

For fæcesprøver:

v  Prøvesvar skal resultatkorrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Når endelig identifisering (til speciesnivå) gis ut se også tabell 1.5 for ev kommentarer som skal ut i tillegg.

 

For Blodkultur/sterile materialer:

v  Prøvesvar skal resultatkorrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Legg inn fullstendig svar fra FHI. Dersom det er ulikheter på følsomhetsbestemmelse korrigeres dette. Se tabell 1.5.

 

Svarrapport skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes inn i resultatregistrering.

Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning.

Se også:

ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi. 

 

Tabell 1.6: Forklaring av kortkoder:

KODE

TEKST

.FBRE

Funnet bekreftet av referanselaboratoriet.

.FØL

Følsomhetsbestemmelse kan utføres hvis ønskelig.

Vennligst gi beskjed innen 1 uke.

.GIIA

Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles.

.KJ

Kjent fra tidligere.

.NMSY

Meldepliktig.

.REFTIL

Stammen sendes til referanselaboratorium for nærmere identifisering.

.PCRU

PCR-undersøkelse er mer sensitiv enn dyrkning.

.SMITTE

For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer.

.STVD

Stammen lar seg ikke påvise ved dyrkning.

.REL

Referanselaboratoriets resistenstesting samsvarer med tidligere besvart resistensoppsett.

.RER

Referanselaboratoriets følsomhetstest samsvarer ikke med tidligere besvart følsomhetstest. Referanselaboratoriets svar bør vektlegges tyngst.