ALM-MM-Fæces; Salmonella dyrkning v. 1.17

Arbeidsbeskrivelse

Intern kvalitetskontroll

KONTROLLSTAMME	SPRES HVER MANDAG
ATCC 13076 Salmonella Enteritidis

Resultat av vekstkontroll skal føres i skjema som ligger på Teams i mappen kontroller, filnavn: registreringsskjema for daglige og ukentlige kontroller, under fanen SAEN og YEEN.

Ekstern kvalitetskontroll

Med. mikrobiologi er med i SLP/ringtestprogrammet til Folkehelseinstituttet.

Ansvar

Fagbioingeniør faggruppe II, har ansvar for vedlikehold av denne prosedyren. Alle som er opplært i salmonella-dyrkning har ansvar for å følge denne prosedyren.

HMS/sikkerhetsinformasjon

Fæcesprøver SKAL såes ut i sikkerhetsskap

Benytt hansker og smittefrakk ved utsåing av prøver og spredning av selenitt. Selenitt er giftig ved innånding. Jobb i sikkerhetsskap. Etterarbeid SKAL gjøres i avtrekksskap.

Arbeidets gang

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos. Hvis prøven er innsendt på glass uten preservering, se prosedyre: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

for ev kommentarer som skal være med til rekvirenten.

Analyseutstyr og klargjøring av disse

ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

Feilkilder og interferens

Gråsorte kolonier er ofte Proteus, og disse kan blande seg med svarte kolonier (mulig Salmonella).

Den svarte fargen på Salmonella-koloniene kan reverseres ved lengre inkubering. I helger/høytider, dersom det ikke blir tid til å vurdere skålene, skal skålene settes i kjøleskap etter 1 døgns inkubasjon. Skålene pakkes da i plastpose.

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

Videre arbeid/identifisering:

1 døgn:

XLD:

Etter 1 døgn ved 35°C, vurderes XLD-agar:

Se etter svarte, røde, grå eller grå-svarte og rosa kolonier.

Alle suspekte kolonier skal indentifiseres på Maldi-tof.

Selenitt:

Etter 1 døgns inkubering spres selenitt-buljongen med blå-øse til XLD-agar som merkes med Salmonella selenittbuljong inkuberes videre i 1 døgn. Spredning fra selenitt vurderes likt som XLD-agar fra primær utsæd.

Dersom identifisering er vanskelig må suspekte kolonier som f.eks. svarte eller røde kolonier ren-spres til neste dag.

Maldi-TOF skiller ikke mellom ulike Salmonella species. Salmonella kommer enten ut som Salmonella spp. eller Salmonella typhi. Om Salmonella kommer ut som Salmonella typhi betyr ikke dette nødvendigvis at det er en reel Salmonella typhi. Rekvirent får beskjed om funn av Salmonella spp., stammen er sendt SOH for identifisering til speciesnivå (se under Svarrapportering).

Spre koloni på XLD- og blod-agar for renhetskontroll, og for å ha materiale til sending og frysing.

Røde/blanke kolonier kan også være: Shigella spp., Vibrio spp., Aeromonas spp., Shewanella og Plesiomonas shigelloides.

Se også prosedyre: ALM-MM-Fæces; Shigella dyrkning

Følsomhetsbestemmelse

Følsomhetsbestemmelse gjøres på alle nye funn fra inneliggende pasienter, samt alle S. typhi og S. paratyphi. Samt alle funn av Salmonella i blodkultur.

• Oppsett på MH-agar, lappediffusjon.

• 0,5 MacFarland i NaCl

Midler det skal testes på:

Antibiotika	lappediffusjon
Ciprofloxacin^X	M1
Cefotaxime	M1 (MS)
Trimetoprim-sulfa	M1
Ceftazidim	M2 (MS)
Meropenem	M2 (MS)
Kloramfenikol	M3

MS: Screening for følsomhetsmekanismer her ESBL

M3 settes ikke opp rutinemessig, kun ved stammer med <2 følsomme midler.

X:
Ved sone > 32 rapporteres S
Ved sonediameter < 30 besvares R
Ved sonediameter 30-32. Ring SOH be om res.best på allerede innsendt stamme på pefloxacin.

NB for ciprofloxacin:

Se NordicAST for brytningspunkt Salmonella spp.

Salmonella spp. har ikke samme brytningspunkt for ciprofloxacin som andre Enterobacterales.

Ved besvarelse av følsomhetsbestemmelse konferer alltid med mikrobiolog

Følsomhetsbestemmelse skal gis ut i disse tilfellene:

• Etter ønske fra rekvirent.

• Nye funn fra pasienter i helseinstitusjoner

• Immunsupprimerte.

• Funn hos barn < 2 måneder.

• Salmonella spp. fra blodkultur.

• Hos pasienter med langvarig diaré (>2 uker).

• Gravide. Konferer mikrobiolog. Dersom ingen følsomhetsbestemmelse utgis ta da med følgende kommentarer: .GIIA og .FØL.

S.typhi og S.paratyphi skal alltid besvares med res.bestemmelse.

Tolkning ved ESBL se: ALM-MM-Res; ESBL av Enterobacterales, Pseudomonas sp, Acinetobacter sp

Ved mistanke om ESBL_CARBA konferer alltid med mikrobiolog.

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

Alle 1. gangs isolater skal:

• Meldes elektronisk (skriftlig) og telefonisk til rekvirent.

• Meldes FHI

• Alle funn skal fryses. Skal føres her: Registreres på Teams, mappen FRYSLISTER, velg bokstype 5.

• Referanse lab: Isolatet i renkultur skal sendes FHI for verifisering/nærmere identifisering/serotyping av stammen.

• SOH: Isolatet i renkultur skal sendes SOH for agglutinering av stammen.

Definisjon av nytt funn er > 3 mnd:

Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd. etter siste prøve (gjelder også ved ev.
sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.

Primær-agar oppbevares på benk til prøven er blitt identifisert og frosset ned.

Svar fra FHI: Dersom innsendt Salmonella viser seg å være S. typhi eller S. parathypi vil FHI ringe MM og informere om dette, slik at rekvirent kan varsles og følsomhetsbestemmelse kan gis ut. Dette tar ikke mere enn 1 uke etter at stammen er sendt inn.

Svarrapportering

Generelt for besvarelse på diaréfremkallende agens; Når ingen diaréfremkallende agens er påvist ved dyrkning av prøven, ta med følgende kommentar til kliniker:

.BEGDIA: Begrenset diagnostikk er utført. Ved fortsatt mistanke om infeksjon, anbefales ny prøve. Ev ny prøve vil videresendes SOH for utvidet PCR-analyse.

Kommentaren skal altså KUN ut til kliniker dersom negativ dyrkning på alle parameter i dyrkningspakken.

Er prøven i tillegg sendt til SOH, skal kommentaren ikke ut.

Kommentaren skal legges inn i rekvisisjonsoppføring under fanen rekv.kommentar.

Negativ dyrkning:

NEG

Positiv dyrkning:

NB: Alle nye påviste Salmonella. spp skal sendes SOH for agglutinasjon av Salmonella.

NB: S.typhi og S.paratyphi skal alltid besvares med res.bestemmelse.

Ved besvarelse av følsomhetstesting skal kommentaren GIIA ikke ut i svarrapport.

Tidligere påvist Salmonella spp:

V (vekst av): Salmonella spp.

.GIIA

.SMITTE

.NMSY

.KJ

Nytt funn av Salmonella spp:

Alle nye funn skal ringes til rekvirent. Husk å legge inn i kom. Logg.

Inneliggende/primærhelsetjenesten:

Endelig svar:

V (vekst av): Salmonella spp.

.GIIA

Stammen er sendt SOH for identifisering til speciesnivå.

.SMITTE

.NMSY

Endelig svar på spp nivå:

Disse blir besvart i Beaker av SOH.

Sending av stammer

Stammer til sending skal alltid spres til blod/XLD for å sikre at de sendes i renkultur.

Kriterier for sending	Sendes til	Sendes på Copan Eswab m/hvit kork
Alle funn	FHI (Referanselab)
Alle funn	SOH (Til agglutinasjon av Salmonella)

• For FHI: fyll ut mottakers rekvisisjon.
(Ikke nødvendig ved sending til SOH).

• Rekvisisjonen skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring.

Rekvisisjon til forsendelse FHI: se under relatert.

Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr: B0 63.
For rekvirering og sending av stammer se: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

Svar fra Folkehelsa:

Besvares elektronisk.

Besvares under X-Sendeprøve, mikrobiolog, referanselab, svar.

Legg inn svar fra FHI, husk å ta med aktuelle kommentarer som skal være med ut i svarrapport:

Kriterier ved besvarelse fra FHI	KODE UT I SVARRAPPORT
Id bekreftet av referanselaboratoriet	.FBRE
Samsvar av følsomhetsbestemmelse	.REL
Avvik av følsomhetsbestemmelse	.RER

Alle svar fra FHI skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring i Beaker.

Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning.

Forklaring av kortkoder:

KODE	TEKST
.FBRE	Funnet bekreftet av referanselaboratoriet
.FØL	Følsomhetsbestemmelse kan utføres hvis ønskelig. Vennligst gi beskjed innen 1 uke.
.GIIA	Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles
.KJ	Kjent fra tidligere
.NMSY	Nominativ meldepliktig sykdom
.SMITTE	For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer..
.REL	Referanselaboratoriets resistenstesting samsvarer med tidligere besvart resistensoppsett.
.RER	Referanselaboratoriets følsomhetstest samsvarer ikke med tidligere besvart følsomhetstest. Referanselaboratoriets svar bør vektlegges tyngst.

Hensikt

Prosedyre for dyrkning av fæcesprøver med henblikk på Salmonella spp. og vurdering av disse prøvene.

Omfang

Alle bioingeniører som er opplært til å utføre denne type analysearbeid ved
Lab. for med. mikrobiologi

Grunnlagsinformasjon

Salmonella spp. er en av de vanligste årsakene til smittsom magetarminfeksjon. Bakterien fører til en betennelsesreaksjon i tynntarmen. Dette gir redusert opptak av vann og næringsstoffer i tarmen, og medfører diaré og magesmerter.

Det er beskrevet mer enn 2500 forskjellige sero-varianter av Salmonella (andre enn S. typhi og S. paratyphi). Inndelingen er på bakgrunn av varmestabile O-antigen og varmelabile H-antigen, samt K-lignende kapselantigen, som finnes hos enkelte stammer. De vanligste serotypene i Norge er Salmonella enteritidis og Salmonella typhimurium.

Infiserte dyr og mennesker utgjør smittereservoar. Den infeksiøse dosen for salmonellose er som regel høy, unntaksvis kan et lavt antall bakterier være tilstrekkelig i enkelte matvarer. Smitte skjer derfor sjelden fra person til person.

Salmonella smitter gjennom kontaminerte næringsmidler (kjøtt, egg, salat m.m.) som lagres uten tilstrekkelig kjøling. Bakterien vokser ikke ved kjøleskapstemperatur og dør ved varmebehandling.

Behandling av salmonellose består først og fremst i å hindre alvorlig uttørring, samt hindre smittespredning ved god håndhygiene. Antibiotikabehandling gis kun i spesielle tilfeller (f.eks. alvorlig sykdom, sepsis, immunsvikt, barn<2 år, kraftig infeksjon).

Prevalensen av multiresistens mot antibiotika hos S. enteritidis er fortsatt meget lav. Derimot har forekomsten av multiresistens hos S. typhimurium økt sterkt de siste årene. Dette fenomenet var til å begynne med i betydelig grad knyttet til oppblomstringen gjennom de siste 10 årene av en multiresistent epidemisk stamme av S. typhimurium kalt DT104, men omfatter nå også flere andre varianter.

Analyseprinsipp og terminologi

Fæcesprøve såes ut på XLD-agar (Xylose Lysine Desoxycholate) – moderat selektiv agar, og selenitt-buljong.

Medisinsk indikasjon

Indikasjon for dyrkning av fæcesprøver ved primærdiagnostikk er mistanke om bakteriell gastroenteritt eller enterokolitt.

Salmonella infeksjoner kan gi sykdom som enterocolitt, tyfoid feber, bakteriemi, fokal infeksjon samt en kronisk bærertilstand med utskillelse av bakterier i fæces eller urin. Salmonella penetrerer og invaderer den gastrointestinale mucosa og spres både intra- og sub-mukøst.

Referanser

Hovedreferanse:

1. Strategimøte nr. 29, 2015 Bakteriologisk fecesdiagnostikk.

2. FHI

Tilleggsreferanser:

1. Gjeldende versjon av NordicAST/AFAs anbefalte følsomhetspaneler.

2. Prosedyre fra SOH: EQSID: 14131

3. Meldingskriterier for sykdommer i FHI

4. Oversikt over fordeling av nasjonale referansefunksjoner.

5. EQSID SOH 14131

Forfatter:	Kyriakos Zaragkoulias (Overlege med. mikrobiolog) Carina Williksen (Fagansvarlig bioingeniør)
Godkjent av:	Geir Kvam (Seksjonsleder) Kjetil Landsem (Avdelingsleder)
Dokumentadministrator:	Carina Williksen (Fagansvarlig bioingeniør)
Dokument-ID:	5922
Gyldig fra:	16.09.2024
Revisjonsfrist:	16.09.2025