Arbeidsbeskrivelse
Arbeidets gang
Prøvematerialet og bearbeidelse av dette
Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos. Hvis prøven er innsendt på glass uten preservering, se prosedyre: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver For ev kommentarer som skal være med i svar til rekvirenten
Analyseutstyr og klargjøring av disse
SS/XLD.-agar romtempereres før bruk.
Selenittbuljong oppbevares i romtemperatur ved fæces arbeidstasjon.
Feilkilder og interferens
SS Agar:
Noen Salmonella- og Shigella-arter kan hemmes på SS-agar. Enkelte Salmonella-arter produserer ikke sorte kolonier. Andre mikroorganismer kan også vokse på dette mediet. Alle suspekte kolonier SKAL identifiseres med Maldi-TOF.
XLD Agar:
Flere forskjellige mikroorganismer kan vokse på X.L.D-agar. Pseudomonas spp. kan vokse som røde kolonier. Proteus spp. kan vokse med sorte/grålige kolonier. Alle suspekte kolonier SKAL identifiseres med Maldi-TOF.
Fremgangsmåte/Utførelse av analysen
NB: Dersom det er oppgitt i kliniske opplysninger om sterk klinisk mistanke om HUS, SKAL prøven SENDES direkte til STO etter PCR-oppsett. Prøven skal da ikke dyrkes ved SL uavhengig av PCR resultat.
Tabell 1.0 Viser oversikt over utsæd:
|
Kriterier |
Prøvemateriale |
Medier |
Inkubering |
|
|
Positiv PCR dagtid |
Fæces (fortrinnsvis med preservering) |
SS/XLD-agar |
Selenittbuljong. |
36°C i inkubator I12
|
|
Positiv PCR ettermiddag |
Selenittbuljong |
SS/XLD-agar |
|
|
|
Kontrollprøver |
Fæces (fortrinnsvis med preservering) |
SS/XLD-agar |
Selenittbuljong |
|
|
Spesiell klinikk |
ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver |
|||
Videre arbeid/Identifisering:
Tabell 1.1 viser forventet morfologisk oppvekst:
|
Forventet morfologisk vekst på XLD. Agar |
|
|
Isolat |
Morfologisk vekst |
|
Salmonella, Edwardisella spp |
Røde kolonier med sort kjerne. |
|
Shigella, Providencia, H2S-negative Salmonella spp. |
Røde kolonier |
|
Escherichia, Enterobacter, Citrobacter, Proteus, Serratia Klebsiella spp. |
Gule/ugjennomsiktige kolonier. |
|
Forventet morfologisk vekst på SS Agar |
|
|
Isolat |
Morfologisk vekst |
|
Salmonella spp |
Gjennomsiktige (farveløse) kolonier med sort kjerne. |
|
Shigella spp. |
Gjennomsiktige (fargeløse) kolonier |
|
Proteus spp.og Citrobacter spp. |
Gjennomsiktige (farveløse) kolonier med grå/sort kjerne. |
Vurdering av vekst SS/XLD-agar:
Etter 1 døgn ved 36°C, vurderes agar.
XLD-Agar: Se etter røde kolonier.
SS-Agar: Se etter gjennomsiktige (farveløse) kolonier.
Alle Suspekte (rosa/røde/sorte/farveløse) kolonier skal identifiseres med Maldi-tof.
Selenittbuljong:
Alle spredninger skal inkuberes i 1 døgn ved 36°C i inkubator I12.
Negativ PCR, men utsæd mtp klinikk:
1. Skåler og buljong skal vurderes selv om det er negativt ved PCR, vurderes som vurdering av SS/XLD-agar og selenittbuljong.
Positiv PCR dagtid:
1. Vurder SS/XLD-agar. Selenittbuljong skal ikke såes ut dersom det er funn på primær-agar.
2. IV eller negativ SS/XLD-agar: Så ut selenittbuljong med blå øse.
3. Dersom spredning med blå øse viser overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.
Positiv PCR kveld:
1. Så ut selenittbuljong på SS/XLD-agar med blå øse.
2. Dersom det er overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.
Vurder vekst som beskrevet ovenfor. Vurdering av vekst på SS/XLD agar.
Se også tabell 1.1.
NB: Alle suspekte (rosa/røde/farveløse) kolonier som identifiseres som E. coli og/eller Shigella spp SKAL sendes STO for videre identifisering, da våre metoder (Maldi-Tof) ikke skiller mellom E.coli og Shigella spp./EIEC.
Dersom identifisering er vanskelig må suspekte kolonier renspres til neste dag. Spre da til blod og SS/XLD-Agar. Merk en «dummy» agar, fortrinnsvis en CIN-agar med pasientens etikett, denne skal sjekkes hver dag for svar fra STO.
Aeromonas spp. og Shewanella spp. detekteres ikke ved kjøring på vårt(e) enteric-panel. Dersom ID på suspekte kolonier, se ALM-MM-Fæces; Vibrio spp, Shewanella spp, Aeromonas spp og Plesiomonas shigelloides dyrkning. for videre arbeid.
Følsomhetsbestemmelse
Alle primære funn skal følsomhetsbestemmes.
Ved funn av Shigella spp. i blodkultur skal isolatet sendes STO for følsomhetsbestemmelse.
Dersom det påvises Shigella spp. på helg/helligdager med ingen transport til STO, så skal følsomhetsbestemmelse utføres og STO må kontaktes ved besvarelse av denne. Kontakt da vakthavende mikrobiolog.
· Medium: MH-agar.
· 0,5 MacFarland i NaCl.
· Lappediffusjon.
Tabell 1.2: Det testes da for følgende midler:
|
Antibiotika |
Lappediffusjon |
|
|
Inneliggende |
Primærhelsetj. |
|
|
ciprofloxacin |
M1 |
M1 |
|
trimetoprim-sulfa |
M1 |
M1 |
|
Cefotaxim |
M1 (MS) |
M1 (MS) |
|
Ceftazidim |
M2 (MS) |
M2 (MS) |
|
Ceftriakson |
M1 |
M2 |
|
meropenem |
M2 (MS) |
M2 (MS) |
MS= Screening for resistensmekanismer.
Dersom det må teste for flere M2 og M3 midler, se AFAs anbefalte Resistenspaneler, NB benytt gjeldende versjon.
AFAS anbefalte resistenspaneler
Tolkning ved ESBL se: ALM-MM-Res; ESBL av Enterobacterales, Pseudomonas sp, Acinetobacter sp
Ved mistanke om ESBLCARBA konferer alltid med mikrobiolog.
Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner
Alle 1. gangs isolater:
· Meldes elektronisk (inneliggende) og telefonisk (alle) til rekvirent.
· Meldes FHI.
· Skal fryses: Skal føres her: Frysskjema Fryses i boks 5.
· Sendes FHI.
Definisjon av nytt funn:
Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd etter siste positive prøve (gjelder også ved ev. sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.
Primær-agar oppbevares på benk, i pose, til prøven er blitt identifisert og frosset.
Se også: ALM-MM-Bakt; Varsling, frysing og videresending av bakterieisolat.
Svarrapportering
Negativ PCR, men dyrket i tillegg mtp spesiell klinikk
Dersom prøven i tillegg er dyrket mtp spesiell klinikk så skal Shigella dyrkning alltid besvares.
Ved negativ PCR, men oppvekst på dyrkning mtp klinikk, konferer fagansvarlig- eller spesialbioingeniør.
Negativ dyrkning:
Besvares Negativ i kulturfanen.
Positiv PCR
Negativ dyrkning:
NEG (i kulturfanen).
.STVD (kommer automatisk opp når kulturfanen besvares negativ).
Nytt funn (se definisjon ovenfor):
V
Shigella spp
.SENDSOH
Endelig svar fra St. Olavs skal vektlegges.
.SMITTE
.NMSY
Kontrollprøver:
Tabell 1.3
|
Positiv |
V |
|
Shigella spp .SMITTE .KJ |
|
|
Fjern flagget for meldepliktig. |
|
|
Negativ |
NEG |
Sending av stammer
Tabell 1.4 Sending av stammer.
|
Sendes til |
Sendes på Copan Eswab m/hvit kork |
|
STO For ID |
|
|
FHI Referanselab |
v For FHI: fyll ut mottakers rekvisisjon.
v Sending til STO rekvireres i Beaker. Opplys i kommentarfeltet at stammen er sendt ref.lab.
v Rekvisisjonen skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring for HP scannes inn i resultatregistrering.
Rekvisisjon til forsendelse FHI: se under relatert.
Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr: B0 63.
For rekvirering og sending av stammer se: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver
Svar fra FHI:
Se også: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi
Endelig svar på spp nivå:
Tabell 1.5: Viser kommentarer som ev skal være med i svarrapport. Kommentaren .FBRE skal alltid ut når svar fra FHI foreligger.
|
Kriterier ved besvarelse fra FHI |
KODE UT I SVARRAPPORT |
|
Id bekreftet av referanselaboratoriet |
.FBRE |
|
Samsvar av følsomhetsbestemmelse |
.REL |
|
Avvik av følsomhetsbestemmelse |
.RER |
For fæcesprøver:
v Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.
v Når endelig identifisering (til speciesnivå) gis ut se også tabell 1.5 for ev kommentarer som skal ut i tillegg.
For Blodkultur/sterile materialer:
v Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.
v Legg inn fullstendig svar fra FHI. Dersom det er ulikheter på følsomhetsbestemmelse korrigeres dette. Se tabell 1.5.
Svarrapport skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes inn i resultatregistrering.
Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning.
Tabell 1.6 Viser forklaring av kortkoder:
|
KODE: |
TEKST: |
|
.FBRE |
Funnet bekreftet av referanselaboratoriet. |
|
.GIIA |
Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles |
|
.KJ |
Kjent fra tidligere |
|
.NSMY |
Meldepliktig. |
|
.REL |
Referanselaboratoriets resistenstesting samsvarer med tidligere besvart resistensoppsett |
|
.RER |
Referanselaboratoriets følsomhetstest samsvarer ikke med tidligere besvart følsomhetstest. Referanselaboratoriets svar bør vektlegges tyngst. |
|
.SENDSOH |
Stammen sendes St. Olavs Hospital for videre testing. |
|
.SMITTE |
For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer. |
|
.STFR |
Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistensbestemmelse |
|
.STVD |
Stammen lar seg ikke påvise ved dyrkning. |