ALM-MM-Fæces; Yersinia dyrkning v. 2.1

Arbeidsbeskrivelse

 

Intern kvalitetskontroll

 

Se: ALM-MM-Bakt; Harmonisering for avlesning av bakterieisolat

 

Ekstern kvalitetskontroll

 

Med. mikrobiologi er med i SLP/ringtestprogrammet til Folkehelseinstituttet.

 

Ansvar

 

Fagbioingeniør faggruppe II, har ansvar for vedlikehold av denne prosedyren. Alle som er opplært i Yersinia-dyrkning har ansvar for å følge denne prosedyren.

 

HMS/sikkerhetsinformasjon

 

Andre Yersinia spp. enn Y.pestis klassifiseres i smitterisikogruppe 2. Y.pestis klassifiseres i smitterisikogruppe 3. Utsåing av fæcesprøver, spredning av selenitt, og etterarbeid (avlesning av skålene, identifisering mm) skal gjøres i sikkerhetsbenk. Benytt smittefrakk og hansker.

 

Arbeidets gang

 

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

 

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos.

 

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

CIN-agar romtempereres før bruk.

Selenittbuljong oppbevares i romtemperatur ved fæces arbeidstasjon.

 

Feilkilder og interferens

 

For høy temperatur kan føre til overvekst av andre Gram negative staver.

Utsådde prøver med rikelig vekst innen 20-24 timer må ikke stå inkubert i mer enn 1 døgn. Kolonienes egenskaper forringes ved overinkubering. I helger/høytider, dersom det ikke blir tid til å vurdere skålene, skal skålene med rikelig vekst settes i kjøleskap etter 1 døgns inkubasjon. Skålene pakkes da i plastpose.

Unntak: Skåler uten vekst/sparsom/moderat vekst reinkuberes inntil 24 timer.

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen og videre arbeid

 

Se også: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

NB! Ved oppvekst av Y. pseudotuberculosis eller Y. pestis på CIN-agar fra primær utsæd, Selenittbuljongen SKAL IKKE såes ut!

 

BD MAX påviser kun Yersinia enterocoltica.

Tabell 1.0: Viser oversikt over utsæd

Kriterier

Prøvemateriale

Medier

Inkubering

Positiv PCR dagtid

Fæces (fortrinnsvis med preservering)

CIN-agar

Selenittbuljong.

CIN agar: 29°C i inkubator I11

Selenittbuljong: Romtemperatur.

Positiv PCR ettermiddag

Selenittbuljong*

CIN-agar

 

Kontrollprøver

Fæces (fortrinnsvis med preservering)

CIN-agar

Selenittbuljong

Spesiell klinikk

ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

*Selenittbuljong inkubert i 24 timer.

 

Videre arbeid/identifisering:

Vurdering av vekst på CIN-agar:

 

Yersinia spp vokser på CIN-skål som små blanke kolonier med rødt senter (okseøye).

Identifikasjon til artsnivå er essensielt for vurdering av patogenisitet.

Yersinia spp:

ü  Oxidase negativ

ü  Katalse positiv.

Vurdering av prøver:

v  Tydelige E.coli, Klebsiella species osv. avskrives.

v  Stammer som ikke er lactosefermenterende, ev. stammer som blir svakt rødfarget på MacConkey-agar, arbeides det videre med.

v  Yersinia er ubevegelig ved 37°C og bevegelige ved romtemperatur.

 

Etter 1 døgns inkubering vurderes CIN-agar

Alle suspekte kolonier skal identifiseres på Maldi-tof. Se ovenfor beskrivelse av forventet morfologisk vekst på CIN-agar. Sparsom/moderat vekst skal reinkuberes i nye 24 timer.

Spre påvist Yersinia kolonier til MacConkey-agar (og ev. CIN-skål) for sending og frysing.

 

For Aeromonas spp. eller Shewanella spp. disse detekteres ikke ved kjøring på vårt enteric panel. Dersom Id av disse på suspekte kolonier se ALM-MM-Fæces; Vibrio spp, Shewanella spp, Aeromonas spp og Plesiomonas shigelloides dyrkning.

for videre arbeid.

 

Videre arbeid med Selenittbuljong:

 

Alle spredninger skal inkuberes i 1 døgn ved 29°C i inkubator I11.

Positiv PCR dagtid:

1.       Vurder CIN-agar. Selenitt skal ikke såes ut dersom det er funn på primær-agar.

2.       IV eller negativ CIN-agar, reinkuber CIN-agar dersom sparsom eller moderat vekst. Så ut selenittbuljong med blå øse.

3.       NB: Ved ingen vekst/sparsom/moderat vekst reinkuberes agar inntil nye 24 timer.

4.       Dersom spredning med blå øse viser overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.

Positiv PCR ettermiddag:

1.       Fæcesprøve såes ut på CIN-agar. Agar skal reinkuberes, dersom negativ og/eller sparsom eller moderat vekst, i nye 24 timer.

2.       Så ut selenittbuljong på CIN-agar med blå øse. NB: Ved ingen vekst/sparsom/moderat vekst reinkuberes agar inntil 24 timer.

3.       Dersom det er overvekst av annen flora, såes selenittbuljong ut på nytt med 1 µl øse.

Vurder vekst som beskrevet ovenfor Vurdering av vekst på CIN-agar .

 

Negativ PCR som dyrkes i tillegg pga spesiell klinikk :

CIN agar og selenittbuljong:

Alle suspekte kolonier skal identifiseres på Maldi-tof. Se ovenfor beskrivelse av forventet morfologisk vekst på CIN-agar. Sparsom/moderat vekst skal reinkuberes i nye 24 timer.

Spre påvist Yersinia kolonier til MacConkey-agar (og ev. CIN-skål) for sending og frysing.

Yersinia spp spalter ikke lactose på MacConkey-agar, og vil vokse som farveløse/lys rosa kolonier. Ved god artsidentifikasjon på Maldi-tof skal stammen sendes og fryses. Identifikasjon til artsnivå er essensielt for vurdering av patogenisitet. Sending av stammer skal gjøres fra renspredning.

 

Videre arbeid bestemmes ut i fra hvilket id resultat fra Maldi-TOF gir:

v  Yersinia enterocolitica:

Stammen sendes FHI for å skille mellom patogen og apatogen variant og evt. følsomhetsbestemmelse dersom patogen variant fra innlagt pasient.

v  Yersinia pseudotuberculosis eller Yersinia pestis:

MALDI-TOF skiller ikke mellom Y. pseudotuberculosis og Y. pestis.

NB PRØVEN skal da sendes FHI for identifisering, ring FHI gi beskjed om isolat som sendes.

Videre arbeid med prøven skal ikke gjøres på lab. Rekvirent varsles telefonisk ved mistanke om funn.

NB:Ta kontakt med fagbioingeniør, spesialbioingeniør eller seksjonsleder FØR rekvirent varsles om slike funn. Slik at det kan tas kontakt med smittevernvakt ved FHI for hvordan slike funn varsles foreløpig ut til rekvirent.

 

Regnes som apatogene:

 

Y. fredriksenii, Y. kristensenii, Y. ruckeri, Y. mollaretii, Y. bercovieri, Y. rohdei, Y. aldovae eller Y. intermedia: Disse regnes som apatogene. Vurder ny Maldi-tof på andre suspekte kolonier. Kan være flere typer som vokser.

 

Følsomhetsbestemmelse

 

Følsomhetsbestemmelse utføres kun på primære funn av Y. enterocolitica for inneliggende pasienter, men skal ikke ut i svarrapport.

Unntak:

v  Ønske fra rekvirent.

v  Immunsvekkede og personer med nedsatt allmenntilstand kan utvikle sepsis.

v  Ungdom kan utvikle akutt terminal ileitt eller mesenterial lymfadenitt med et sykdombilde som minner om akutt appendisitt (pseudoappendisitt). Reaktiv leddaffeksjon ses særlig hos voksne.

 

Følsomhetsbestemmelse på primære funn av Y. pseudotuberculosis og Y.pestis utføres ved St. Olavs.

 

·         Oppsett på MH-agar, lappediffusjon

·         0,5 McFarland i NaCl

 

Tabell 1.1: Viser midler det skal testes på:

Antibiotika

lappediffusjon

Inneliggende

Primærhelsetj.

ciprofloxacin

M1

Rapporter

Rapporter

trimetoprim-sulfa

M1

Rapporter

Rapporter

cefotaxime

M1

MS

Rapporter

 

ceftazidime

M2

MS

 

M2

MS

ceftriaxone

M1

Rapporter

M2

meropenem

M2

MS

 

M2

MS

M1= Førstehåndsmidler.

M2= Andrehåndsmidler, besvares kun dersom M1 er resistente.

MS= Screening for resistensmekanismer.

Ved besvarelse med følsomhetsbestemmelse konferer alltid med mikrobiolog.

 

Tolkning ved ESBL se: ALM-MM-Res; ESBL av Enterobacterales, Pseudomonas sp, Acinetobacter sp

Ved mistanke om ESBLCARBA konferer alltid med mikrobiolog.

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

 

Alle 1. gangs isolater skal:

v  Meldes elektronisk (skriftlig).

v  Meldes FHI.

v  Alle funn skal fryses. Skal føres her: Frysskjema I boks 5.

v  Sendes FHI for agglutinasjon av serotype.

v  Se også: ALM-MM-Bakt; Varsling, frysing og videresending av bakterieisolat..

 

Definisjon av nytt funn er > 3 mnd.

Som 1. gangs isolat regnes også isolater som påvises ved ev. sykdomsresidiv mer enn ca. 3mnd etter siste positive prøve eller hvis det for øvrig skulle foreligge grunn til å mistenke reinfeksjon.

Svarrapportering

 

Primær-agar oppbevares på benk til prøven er blitt identifisert og frosset ned.

Alle nye funn av Y. enterocolitica meldes ved positiv PCR.

BDMAX påviser kun Y. enterocolitica.

 

Se også: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.

 

Negativ PCR, men dyrket i tillegg mtp spesiell klinikk

 

Dersom prøven i tillegg er dyrket mtp spesiell klinikk så skal Yersinia dyrkning alltid besvares.

 

Negativ dyrkning:

 

Besvares Negativ i kulturfanen.

 

Positiv dyrkning mtp klinikk:

Primære funn av mistenkt Y. pseudotuberculosis

Rekvirenten skal ha elektronisk og telefonisk svar ved funn av Yersinia spp.

(Y. enterocolitica blir meldt telefonisk ved pos PCR).

Husk kom.logg.

 

V

Legg inn Y. spp.

.GIIA

.STFR (Slettes dersom det gis ut med følsomhetsbestemmelse).

Legges inn manuelt: Påvist patogen variant. Stammen sendes FHI for videre identifisering

.REFTIL Slett tilleggsanalyse og legg til manuelt; nærmere identifisering. Svar forventes om ca 1 uke.

 

.SMITTE

.NMSY

 

Primære funn av andre Yersinia enn Y. pseudotuberculosis og Y. enterocolitica

V

Legges inn mikrobenavn

Regnes som apatogen.

Fjerne meldeplikt.

Se; Regnes som apatogene

 

Positiv PCR

 

Negativ dyrkning:

NEG

.STVD (kommer automatisk opp når kulturfanen besvares negativ).

 

Positiv dyrkning:

NB: Alle nye påviste Yersinia. spp. skal sendes FHI for serotyping.

Nytt funn:

V

Yersinia enterocolitica.

.GIIA

Våre tester angir ikke om dette er en apatogen eller patogen stamme.

.REFTIL:

Stammen sendes til referanselaboratorium for tilleggsanalyse.

Slett tilleggsanalyse og legg til manuelt; nærmere identifisering.

Svar forventes om ca 1 uke.

.SMITTE

.NMSY

NB: Ved besvarelse av følsomhetsbestemmelse skal kommentaren .GIIA ikke ut i svarrapport.

 

Kontrollprøver:

Tabell 1.2:

Positiv

V

Legg inn ID

.SMITTE

.KJ

Fjern flagget for meldepliktig.

Negativ

NEG

 

Svar fra FHI:

 

Endelig svar på spp nivå:

Tabell 1.3: Viser kommentarer som ev skal være med i svarrapport. Kommentaren .FBRE skal alltid ut når svar fra FHI foreligger.

Kriterier ved besvarelse fra FHI

KODE UT I SVARRAPPORT

Id bekreftet av referanselaboratoriet

.FBRE

Samsvar av følsomhetsbestemmelse

.REL

Avvik av følsomhetsbestemmelse

.RER

 

For fæcesprøver:

v  Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Når endelig identifisering (til speciesnivå) gis ut se også tabell 1.3 for ev kommentarer som skal ut i tillegg.

v  Primære svar på patogene Y. enterocolitica:

.YERPAT.

Ved positiv agglutinering, legg inn riktig O serotype.

Dersom følsomhestbestemmelse ikke skal ut i svarrapport; .STFR

v  Primære svar på apatogene Y. enterocolitica:

.YERAPAT

Negativ ved agglutinasjon.

Fjern meldepliktig flagg.

Endre til riktig serogruppe.

 

For blodkultur/sterile materialer:

v  Prøvesvar skal resultat korrigeres når svar fra FHI foreligger.

v  Legg inn fullstendig svar fra FHI. Dersom det er ulikheter på følsomhetsbestemmelse korrigeres dette. Se tabell 1.3.

 

Svarrapport skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes inn i resultatregistrering.

Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning.

Se også:

ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi. 

Sending av prøvemateriale/stammer

 

* Ved mistanke om oppvekst av Y.pestis:

v  Prøvemateriale skal sendes FHI. Kontakt vakthavende mikrobiolog ved SOH før sending. Transport av prøven gjøres i kategori B som de aller fleste biologiske materialer.

v  Prøvemateriale pakkes inn i parafilm som igjen pakkes inn i flere poser som igjen forsegles med tape.

v  NB!: Agar skal IKKE sendes, da transport av bakteriekultur som klassifiseres i smitterisikogruppe 3 må gjøres i kategori A. Prøvematerialet skal da sendes til FHI. Se punkt ovenfor.

Se: ALM-MM-; Hygiene og sikkerhetsrutiner på Lab. for med. mikrobiologi

Tabell 1.4: Viser oversikt over hva som skal sendes hvor:

Sendes til

Hva sendes

Sendes på Copan Eswab m/hvit kork

FHI

Y. enterocolitica

 

Ved ID Maldi-tof:

Yersinia pseudotuberculosis eller Yersinia pestis.

NB ved sending av slike stammer SKAL smittevernvakta ved FHI kontaktes

Da det må gjøres avtale om hvordan prøven/isolatet skal sendes.

Smittevernvakta ved FHI

 

v  For FHI: fyll ut mottakers rekvisisjon.

v  Rekvisisjonen skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes i resultatregistrering.

 

Rekvisisjon til forsendelse FHI: se under relatert.

Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr: B0 63.

 

For rekvirering og sending av stammer se: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

 

Tabell 1.5: Viser forklaring av kortkoder:

KODE:

TEKST:

.FBRE

Funnet bekreftet av referanselaboratoriet

.GIIA

Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles

.KJ

Kjent fra tidligere

MOA

Mikroben lar seg ikke påvise. Mediet er overvokst av annen flora.

.NSMY

Meldepliktig.

.REL

Referanselaboratoriets resistenstesting samsvarer med tidligere besvart resistensoppsett.

.RER

Referanselaboratoriets følsomhetstest samsvarer ikke med tidligere besvart følsomhetstest. Referanselaboratoriets svar bør vektlegges tyngst. 

.REFTIL

Stammen sendes til referanselaboratorium for tilleggsanalyse.

.SMITTE

For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer.

.STFR

Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistensbestemmelse

.STVD

Stammen lar seg ikke påvise ved dyrkning.