En laser i instrumentet skyter mot en prøve krystallisert med matrix. Laseren vil spalte ribosomale proteiner i bakteriecellene til positivt ladede proteiner og peptider. Et elektrostatisk felt akselererer ionene, som vil vandre med forskjellig hastighet og nå detektoren på forskjellig tid. Instrumentet måler denne farten, som korrelerer til molekylær masse, og omgjør dette til et massespekter. Dette vil fungere som et molekylært fingeravtrykk som sammenlignes mot en referansedatabase med kjente mikrobers spektre.

Sepsityper kit inneholder reagens for å fjerne humane blodceller.

Referanser

1. MBT Compass HT IVD User Manual, Rev. E (March 2023)

2. MBT Compass Filamentous Fungi IVD Module User Manual, Rev.C (March 2023)

3. MBT HT Sepsityper IVD Module User Manual, Rev.C (October 2022)

4. Bruksanvisning IVD Bacterial Test Standard, Rev. L (Februar 2022)

5. Sammendrag 11 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: IDENTIFIKASJON AV GJÆRSOPP MED MALDI-TOF MS

6. Sammendrag 13 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: IDENTIFIKASJON AV ANAEROBER MED

MASSESPEKTROMETRI

7. Sammendrag 10 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: IDENTIFIKASJON AV DERMATOFYTTER MED MALDI-TOF

8. Sammendrag 10 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: IDENTIFIKASJON AV MUGGSOPP MED MALDI-TOF MS

9. Sammendrag 7 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: IDENTIFIKASJON AV AEROBER OG FAKULTATIVT ANAEROBER – PRESISJON AV IDENTIFIKASJON, BEHOV FOR SUPPLERENDE FENOTYPISK TESTING OG RAPPORTERING AV SVAR

10. Sammendrag 3 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: KVALITETSSIKRING OG HARMONISERING AV SVAR- RAPPORTERING AV BAKTERIE- OG SOPP ID VED MALDI-TOF MS

11. Sammendrag 3 fra strategisamling 2024, ID av bakterier og sopp: BIO-/LABSIKKERHET VED IDENTIFIKASJONSARBEID PÅ LAB – MALDITOF

Standarder/Kalibratorer

· IVD Bacterial Test Standard (BTS)

Intern Kvalitetskontroll

· IVD Bacterial Test Standard (BTS)

VD BTS inneholder et ekstrakt av Escherichia coli DH5-alfa, som viser en karakteristisk peptid- og proteinprofil i MALDI-TOF-massespektra. Ekstraktet er tilsatt to ekstra proteiner som utvider den øvre grensen for masseområdet dekket av IVD BTS. Generelt masseområde dekket av IVD BTS er m/z 3 600 til m/z 17 000.

Ekstern Kvalitetskontroll

· Ringtestprogrammet til FHI

· Neqas «General Bacteriology»

· Neqas «Mycology culture»

Arbeidsbeskrivelse

Ansvar

Fagbioingeniør for bakteriologi (gruppe 1) har ansvar for vedlikehold av prosedyren. Fagbioingeniør og spesialbioingeniør på faggruppen har ansvar for oppfølging etter service og vedlikehold. Superbrukere har ansvar for feilsøking og kontakt med servicetekniker. Opplærte bioingeniører har ansvar for daglig bruk og vedlikehold.

HMS/sikkerhetsinformasjon

· Engangsplater og Fast-shuttle benyttes til prøver i sikkerhetskabinett klasse 2 ved fæcesplass. Alt arbeid her utføres med nitrilhansker og frakk, og gjelder følgende arbeidsprosesser:

o Pellet fra blodkulturisolat.

o Isolat fra fæcesdyrkning. Skal alltid tilsettes maursyre.

o Prøvepreparering av muggsopp og dermatofytter utføres i sikkerhetskabinett klasse 2 for å unngå spredning av soppsporer i laboratoriet.

o Rutineisolat hvor man mistenker smitterisikogruppe 2 eller 3. Skal alltid tilsettes maursyre.

o Rutineisolat som testes med maursyre (eDT) eller ekstraksjon (EXT).

· Benytt hovedsakelig flerbruksplater til rutineisolat på benk. Alt arbeid på benk skal utføres med DT-metoden. Det er ikke nødvendig med beskyttelsesutstyr.

· Fortynnet maursyre skal tillages i eppendorfrør med skrukork (kryorør) for å unngå fare for sprut.

· Bruk syrehansker og sikkerhetskabinett på alt arbeid med ufortynnede kjemikalier. Ved håndtering av TFA skal ansiktet være beskyttet for eventuell sprut.

· MALDI-TOF skal IKKE gjøres ved mistanke om sporedannende bakterier som krever BSL3, det vil si ikke-hemolytisk Bacillus (Bacillus anthracis).

· Alle reagenser som brukes ved analyseringen kan være helseskadelige. Unngå søl på hud og i øynene.

Arbeidets Gang

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

Enkeltliggende isolat fra bakterier og sopp. Isolat inkubert i 1 døgn er å foretrekke. Se også dyrkningsforhold under feilkilder.

For sepsityper benyttes prøvemateriale fra positiv blodkulturflaske. 1 ml. tilsettes eppendorfrør i avtrekk på prøveplass før videre arbeid i avtrekk ved fæcesplass.

Reagenser og klargjøring av disse

OBS! Husk at alle kommersielle reagens som benyttes på Sirius skal være merket IVD.

Reagens benyttet til ekstraksjon, platevask og tillaging av OS overførøes/fortynnes og oppbevares i egne 50 ml-flasker på fargebenk. Disse byttes ut hver 3. mnd. Selve flaskene står i reagensskap under fargebenk. Alt arbeid med overføring/fortynning av syrer utføres i fæcesavtrekk med syrehansker og frakk.

· Sepsityper kit oppbevares i romtemperatur (15-25 °C) på pusslab (P062). Reagens er holdbare i opptil 3 måneder etter åpning.

· OS (Organic Solvent): Nylaget løsning benyttes til oppløsing av Matrix og BTS. Nylaget løsning kastes etter bruk.

Tillaging av OS:

1. Pipetter 475 µL HPLC-gradert vann i et eppendorf-rør.

2. Tilsett 25 µL 100% TFA (trifluoroacetic acid)

3. Tilsett 500 µL 100% ACN (acetonitril)

4. Vortex godt

· BTS: Kontroll og kalibrator til Maldi-TOF. Inneholder E.coli DH5 alpha spiket med to ekstra spekter som dekker opp øvre måleområde for masse. Uløst BTS oppbevares i fryser RTB062.1 på pusslab (P062).

Tillaging av BTS

1. Ta opp et BTS-rør fra fryseren (gul topp). La stå 5 minutter i romtemperatur før neste trinn. Dersom nytt LOT må dette registreres inn på instrument-PC. Gi beskjed til superbruker.

2. Bruk ny OS (OS=Standard Solvent). Pipetter 50 µL OS.

3. Bland med pipetten opp/ned minst 20 ganger. NB! Unngå luftbobler.

4. Inkuber i minst 5 min ved romtemperatur.

5. Repeter punkt 3.

6. Sentrifuger en kort stund, ca. 10 sekunder ved full hastighet.

7. Fordel 8 µL i Sarstedt mikrorør.

8. Frys ned ved minst -18 ºC, i fryseskap på pusslab. Benytt blå bokser. Påfør LOT og oppløst dato på lokk. Frossen IVD BTS-løsning kan lagres i opptil 5 måneder ved -18 °C eller lavere.

9. Signer på vedlikeholdsskjema i teams.

Preparering på plate

1. Romtemperer to rør fra fryseren i minst 5 minutter. Bland opp lett ved å knipse mot røret.

2. Sentrifuger ved full hastighet i ca. 10 sekunder. Plasser ett rør i avtrekk og ett rør på benk.

3. Pipetter 1 µL på spot. Tilsett 1 µL matrix når BTS er tørket.

OBS! Ved tilsetning av BTS på plate må matrix tilsettes innen 30 minutter etter at den har tørket. Etter tilsetning av matrix er spot holdbar i 24 timer.

· Matrix: HCCA (α-Cyano-4-hydroxycinnamic acid). Krystalliserer prøvemateriale. Uløst Matrix oppbevares på kjølerom B024.

Tillaging av Matrix:

1. Hent 3 Matrix-rør fra kjølerom.

2. Sjekk LOT-nummer. Dersom nytt LOT må dette registreres inn på instrument-PC. Gi beskjed til superbruker.

3. Tilsett 250 µL OS til hvert rør.

4. Vortex minimum 5 minutter. Sjekk at alt materiale er løst opp i bunnen. Kakk løsningen ned mot benken slik at det ikke blir liggende rester i lokket.

5. Skriv dato på lokket.

70 % maursyre (FA): Benyttes til eDT-prosedyrer og ekstraksjon. Utføres i avtrekk med hansker. Oppbevares i avtrekk. Ny bruksløsning lages ukentlig.

Tillaging av 70 % maursyre

1. Tilsett 300 µL HPLC-gradert vann i eppendorf-rør med skrukork.

2. Tilsett 700 µL ren maursyre.

3. Vortex godt.

Analyseutstyr og klargjøring av disse

MBT FAST Shuttle: Kan benyttes i alle arbeidsprosesser for å forkorte tørketiden og bedre krystalliseringsevnen til Matrix. Når påskrudd vil varmeblokken varmes opp til 35°C. Skrus automatisk av etter 30 minutter. OBS! Benyttes kun for engangsplater ved kjøring på Sirius.

Engangsplater: Kan benyttes i alle arbeidsprosesser.

Flerbruksplater: Kan benyttes i alle arbeidsprosesser med unntak av muggsopp.

Rengjøring av flerbruksplater

Utføres i avtrekk med vask. Husk å skru på vifte og sjekk at spjeld er åpent.

1. Legg plater som skal rengjøres i en glassbeholder med linsepapir i bunn.

2. Dekk med benksprit (70 %) og la stå i 5 minutter

3. Skyll platene godt under springvann.

4. Benytt linsepapir dekt i benkesprit til å rengjøre spottene på platene.

5. Skyll platene godt under springvann og tørk av med linsepapir.

6. Legg platene tilbake i glassbeholderen. Avsett 100 µL ± 10 µL 80% TFA og rengjør alle spotter med en vattpinne.

7. Skyll platene godt med HPLC-gradert vann. Tørk godt av med linsepapir og la platene lufttørke i 15 minutter ved romtemperatur.

Feilkilder og begrensninger

· Sepsityper:

Hvis lyseringsbuffer inneholder presipitater, oppbevar kit i minst 1 time ved 20-25 grader og vortex røret før åpning. Dersom presipitatene ikke forsvinner, må kittet forkastes. Ta kontakt med faggruppen.

· Mixed culture hints på sepsityper:

Kan gi falske resultater. Vi hensyntar ikke beskjed om polymikrobielle funn. Eventuelle hint må bekreftes med oppsett fra vekst.

· Tvetydige resultat (Konsistenskategori B): Resultater hvor flere ulike mikrober gir høy konfidens identifikasjon. Største feilkilder ligger i det preanalytiske (ikke renspredd isolat eller krysskontaminasjon i prøvepreparering).

· Dyrkningsforhold:

Streptococcus pneumoniae: Kultur bør ikke være eldre enn 24 timer for å unngå autolyse.

Nocardia: Kultur bør ikke være eldre enn 48 timer.

Sopp: Kultur bør være mellom 18-48 timer og inkubert ved 29°C ± 2°C

· Ingen identifikasjon ved oppsett

Kan blant annet skyldes forurenset matrix, uren plate eller for lite eller for mye prøvemateriale på spot.

Bilde 1.0: Ideelt utstryk på bioplate er demonstrert i rad B. Rad A er tilsatt for mye og rad C for lite.

Et bilde som inneholder skjermbilde, blå

KI-generert innhold kan være feil.

· Se egne begrensinger knyttet til identifikasjon under «Vurdering av svar»

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

Generelle Merknader

· Benytt FAST-shuttle for å få bedre krystallisering av Matrix. Dersom dette ikke er mulig skal spot tørkes i romtemperatur, ikke i varmeskap.

· Det må utføres en BTS-kalibrering ved hver kjøring. Ved 1. oppsett hver morgen tas frysrør opp fra fryser. Dette vil være nok til ca. 6 kjøringer gjennom en arbeidsdag. Skriv dato på røret og plasser i stativ på benk. Det settes opp fortrinnsvis 2-3 før lunsj, og 3-4 etter lunsj, men dette kan vurderes etter behov.

· TIPS. Dersom man har renspredd flere uidentifiserte isolat på samme prøve og man mistenker at man har flere renspredninger av samme isolat kan disse med fordel kjøres "offline" ved å merke prøver i arbeidsark med bokstaver foran instrumentnummer (f.eks. isolat a-f), og så tildele disse isoaltnummer etter kjøring.

· For identifikasjon av gjærsopp anbefales to spot per agens. DT kan fungere, men celleveggen krever ofte eDT eller ekstraksjon for bedre spekter. (5)

· For identifikasjon av grampositive anaerobe bakterier anbefales eDT. (6)

· Ved mistanke om Bacillus anthracis enten i blodkulturflaske (spore-dannende, store og rette grampositive staver som er ubevegelige i våtpreparat) eller isolat i vekst (Bacillus uten hemolyse) samt kliniske opplysninger som vekker mistanke: Se ALM-MM-Id; Identifisering av Bacillus spp

Forordning Av Prøver På Epicenter

Velg ikonet for malditof i verktøylinjen:

Scann platenummer inn i epicenter, eventuelt velg nummer på flebruksplate i rullegardinmeny.

Det må alltid være med en posisjon med BTS på hvert oppsett. Velg ledig posisjon på platen og scann prøver fortløpende. Husk å velg riktig isolatnummer. Dette er avgjørende for å få riktig overføring til Beaker. Ved oppsett av paralleller er det viktig å sette punktum før eller etter instrumentnummer for å unngå duplikater i epicenter.

For sepsityper, registrer preparatetiketten slik at det enkelt kan spores tilbake ved behov.

Prøvepreparering

OBS! Les kapittelet HMS/Sikkerhetsinformasjon.

Velg riktig fremgangsmåte etter funn/prøvemateriale.

Protokoll for modul biotyper og sepsityper

· Direct Transfer (DT): Førstehåndsvalget ved alle oppsett, hvor man setter opp spot + Matrix. Unntak: Fæcesisolat og muggsoppisolat.

· Extended Direct Transfer (eDT): Direkte oppsett med maursyre. Andrehåndsvalget dersom DT ikke fungerer, eventuelt førstehåndsvalg for gjærsopp og anaerobe bakterier.

· Ekstraksjon (EXT): Dersom det ikke oppnås tilfredsstillende resultat med DT eller eDT utføres full ekstraksjon.

Protokoll for modul filamentous fungi (muggsopp og dermatofytter)

· Mycelium Transfer (MyT): Direkte oppsett med maursyre.

· EXT: Dersom det ikke oppnås tilfredsstillende resultat med MyT utføres full ekstraksjon. Inkubasjonstid påvirker resultat av Maldi-TOF analyse. Generelt er det anbefalt å plukke fra unge kolonier, ofte 48-72 timers dyrkningstid, men også ned i 24 timer har vist å gi gode resultat. Ved manglende identifikasjon eller lav score kan nytt forsøk fra kultur som har vært dyrket videre i 1-2 dager være nyttig (8).

Dersom BTS kalibrering er OK vil instrumentet fortsette med prøvene. Dersom kalibrering feiler så vil kjøringen avbrytes. Kjøringen kan restartes, eventuelt legg til en ny spot BTS til oppsettet.

Utførelse

Tabell 1.1: Fremgangsmåte Biotyper DT

FREMGANGSMÅTE BIOTYPER DT (Direct transfer)

OPPSETT UTFØRES PÅ BENK

1. Bruk en tannpirker og avsett litt materiale fra en enkeltliggende koloni på spot. Forsøk å få et jevnt, tynt lag for best mulig resultat. Bytt tannpirker for hver spot. For raskere tørking av BTS kan FAST-shuttle benyttes.

2. Tilsett 1 µL matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot.

3. Tørk plate i romtemperatur (eventuelt på FAST-shuttle.)

4. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Sample" for prøver. I "Preparation protocol": velg DT. Trykk "Run-knappen".

Tabell 1.2: Fremgangsmåte Biotyper eDT

FREMGANGSMÅTE BIOTYPER eDT (Extended Direct Transfer)
OPPSETT UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS MED NITRILHANSKER

1. Bruk en tannpirker og avsett litt materiale fra en enkeltliggende koloni på spot. Forsøk å få et jevnt, tynt lag for best mulig resultat. Bytt tannpirker for hver spot. For raskere tørking av BTS kan FAST-shuttle benyttes.

2. Tilsett 1 µl 70 % maursyre på pasientprøve. OBS! Benytt hansker og avtrekk.

3. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.

4. Tilsett 1 µl matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot.

5. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.

6. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Sample" for prøver. I "Preparation protocol": velg eDT. Trykk "Run-knappen".

Tabell 1.3: Fremgangsmåte Biotyper EXT

FREMGANGSMÅTE BIOTYPER EXT (Ekstraksjon)
OPPSETT UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS MED NITRILHANSKER

1. Pipetter 300 µl HPLC-gradert vann i et eppendorfrør.
2. Benytt 1 µl øse til å overføre kolonier og vortex suspensjonen godt.
3. Tilfør 900 µl ren etanol og vortex suspensjonen godt.
4. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
5. Fjern supernatant med pipette uten å røre nedsentrifugert pellet.
6. Gjenta steg 4 og 5.
7. Lufttørk pellet i 5 minutter ved romtemperatur.
8. Pipetter 25 µL 70 % maursyre og bland med pipettespissen til pelleten er respuspandert.
9. Pipetter 25 µL ACN og bland med pipettespissen 2-3 ganger.
10. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
11. Overfør 1 µL av supernatant til spot på maldiplate. For raskere tørking kan FAST-shuttle benyttes. Ekstraktet kan oppbevares opp til 4 timer ved romtemperatur.
12. Tilsett 1 µl matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot.
13. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.
14. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Sample" for prøver. I "Preparation protocol": velg Ext. Trykk "Run-knappen".

Tabell 2.1: Fremgangsmåte Sepsityper DT og eDT

FREMGANGSMÅTE SEPSITYPER DT og eDT
AVSETTING AV PRØVEMATERIALE I EPPENDORFRØR UTFØRES SAMTIDIG MED UTSÆD

VIDERE ARBEID UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASSEN

1. Benytt nål til å overføre 1 mL blod fra blodkulturflaske til et eppendorfrør. PUNKT 1 UTFØRES I AVTREKK PÅ PRØVEPLASS, VIDERE ARBEID FRA PUNKT 2-8 UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS.

2. Tilsett 200 µL lyseringsbuffer og vortex i ca. 10 sekunder

3. Sentrifuger i 2 minutter ved 13000-15000 rpm.

4. Pipetter av supernatant.

5. Tilsett 1 ml vaskebuffer med en engangspipette og resuspender ved å pipettere opp og ned. Vortex så i 3 sekunder.

6. Sentrifuger i 1 minutt ved 13000-15000 rpm. Trinn 6 kan repeteres dersom væsken fortsatt ser blodig ut.

7. Fjern all supernatant forsiktig med eppendorfpipette.

8. Gjennomfør både DT-prosedyre og eDT-prosedyre fra pellet. OBS! Velg modul Sepsityper i "Sample type" før kjøring av plate. Pelleten som er igjen kan oppbevares ved romtemperatur i 1 time.

Tabell 2.2: Fremgangsmåte Sepsityper EXT

FREMGANGSMÅTE SEPSITYPER EXT (Ekstraksjon)
OPPSETT UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS MED SMITTEFRAKK OG NITRILHANSKER

Benytt pellet fra DT-prosedyre (holdbar 1 time).

1. Pipetter 300 µl HPLC-grad vann i eppendorfrør med sepsityper pellet og resuspender med pipette.
2. Tilfør 900 µl ren etanol og vortex suspensjonen i ca. 10 sekunder.
3. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
4. Fjern supernatant med pipette uten å røre nedsentrifugert pellet.
5. Gjenta steg 3 og 4.
6. Lufttørk pellet i 5 minutter ved romtemperatur.
7. Pipetter 2-50 µL 70 % maursyre og bland med pipettespissen til pelleten er respuspendert. Jo mindre pelleten er, desto lavere volum bør benyttes.
8. Pipetter samme mengde ACN og bland med pipettespissen 2-3 ganger.
9. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
10. Overfør 1 µL av supernatant til spot på maldiplate. For raskere tørking kan FAST-shuttle benyttes. Ekstraktet kan oppbevares opp til 4 timer ved romtemperatur.
11. Tilsett 1 µl matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot. Må tilsettes innen 30 minutter etter at spot har tørket.
12. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.
13. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Sepsityper" for prøver. I "Preparation protocol": velg Ext. Trykk "Run-knappen".

Tabell 3.1: Fremgangsmåte Filamentøse sopp MyT

FREMGANGSMÅTE FILAMENTØSE SOPP MyT (Mycelium Transfer)
OPPSETT UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS MED SMITTEFRAKK OG NITRILHANSKER
OBS! Må kun utføres på engangsplater

1. Pipetter 1 µL 70 % maursyre til tildelt spot.

2. Dypp en tannpirker i maursyredråpen og høst så fremre mycel ved å rulle tannpirkeren langs kanten.

3. Avsett materialet på samme spot.

4. La tørke i avtrekk.

5. Tilsett 1 µl matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot.

6. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.

7. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Filamentous fungi" for prøver. I "Preparation protocol": velg MyT. Trykk "Run-knappen".

Tabell 3.2: Fremgangsmåte Filamentøse sopp EXT

FREMGANGSMÅTE FILAMENTØSE SOPP EXT (Ekstraksjon)

OPPSETT UTFØRES I AVTREKK VED FÆCESPLASS MED SMITTEFRAKK OG NITRILHANSKER

OBS! Må kun utføres på engangsplater

1. Pipetter 300 µl HPLC-grad vann i et eppendorfrør.
2. Benytt tannpirker til å overføre mycel og vortex suspensjonen i minst 10 sekunder. (Det kan være enklere å overføre materiale om man dypper tannpirker i vannet først.)
3. Tilfør 900 µl ren etanol og vortex igjen.
4. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
5. Fjern supernatant med pipette uten å røre nedsentrifugert pellet. Vær forsiktig da det er stor sjanse for å miste pellet.
6. Sentrifuger kort og fjern siste rest av alkohol.
7. Lufttørk pellet i romtemperatur til den er helt tørr. Det er viktig at det ikke ses noe fukt langs veggen i røret, men pelleten skal være "fuktig".
8. Pipetter 70 % maursyre og bland med pipettespissen til pelleten er respuspandert. Volum skal tilsvare størrelse på pellet. En veldig liten pellet kan tilsi 10-20 µL, mens en stor pellet kan kreve opp mot 100 µL.
9. Pipetter tilsvarende mengde ACN og bland med pipettespissen inntil løsningen er fullstendig resuspensert.
10. Sentrifuger ved 13-15.000 rpm i 2 minutter.
11. Overfør 1 µL av supernatant til spot på maldiplate. For raskere tørking kan FAST-shuttle benyttes. Ekstraktet kan oppbevares opp til 4 timer ved romtemperatur.
12. Tilsett 1 µl matrix. Bytt pipettespiss mellom hver spot.
13. Tørk plate i romtemperatur eller på FAST-shuttle.
14. Scan og kjør plate inn i instrumentet. I "Sample type": velg "BTS" for spot med BTS og "Filamentous fungi" for prøver. I "Preparation protocol": velg Ext. Trykk "Run-knappen".

Forordning Av Prøver På Instrument-Pc

Logg inn på MBT Compass HT IVD

Brukernavn ved daglig drift: tof-user

Brukernavn for superbrukere: lab-manager

Passord: bruker

Bilde 2.0: Oversikt over funksjoner i MBT Compass

1. Trykk på plussymbolet i hovedbildet på MBT Compass HT IVD

2. Scann platens barkode

3. LOT på siste registrerte Matrix kommer automatisk opp. I feltet under velges aktuell BTS LOT.

4. Posisjonen til BTS lagt inn på epicenter må manuelt endres til sample type «BTS». For resterende prøver velges aktuell modul:

- Sample vil gjelde alle normale oppsett

- Filamentous Fungi velges for muggsoppisolat

- Sepsityper velges for oppsett direkte fra blodkultur.

5. Under preperation protocol velges fremgangsmåte:

- DT = Direct Transfer

- eDT = extended Direct Transfer (maursyre)

- Ext = Extraction

- MyT = standard oppsett for muggsopp med maursyre

6. Ved behov kan arbeidsark printes ut, men dette kan også gjøres via epicenter. Aktuelt for oppsett i avtrekk.

7. Start kjøring når platen er satt inn i instrumentet.

8. Ved behov for å utsette kjøring kan oppsett lagres og hentes inn igjen senere.

Vurdering av svar

Det må alltid gjøres en helhetlig vurdering av svarets pålitelighet. Konsistenskategori skal være A for at man uten videre skal kunne godta en identifikasjon. For biotyper gjelder >2.0 (og konsistenskategori A) for sikker identifikasjon til species nivå og >1.8 til genus nivå. For Filamentous fungi og Sepsityper gjelder >1,8 (og konsistenskategori A) for sikker identifikasjon til species nivå og >1,6 til genus nivå.

Alle identifikasjoner med ID score 1,70 - 1.99: Vurder besvaring av identifikasjon på kun genusnivå i hvert tilfelle (f.eks. Corynebacterium sp.). Isolat fra blodkultur og spinalvæske skal aldri besvares på kun genusnivå. For andre sterile materialer bør lege konfereres. Dersom minst fire av de først foreslåtte identifikasjoner på en spot viser samme species, forsterkes sannsynligheten for korrekt artsidentifikasjon.

Log Score Og Matching Hints

Tabell 4.1: Beregning av Log Score

Et bilde som inneholder tekst, skjermbilde, programvare, nummer

KI-generert innhold kan være feil.

Spesielle bemerkninger for gjærsopp:

Bruker anbefaler cut-off for artsidentifikasjon log score >2.0, men flere publikasjoner beskriver sikker identifikasjon av gjærsopp til artsnivå med log score >1.7 i Brukerdatabasen, forutsatt forøvrig entydige identifikasjon/ «consistency» og paralleller- på lik linje med kriterier for bakterieartsidentifikasjon. (5)

Tabell 4.2: Ulike faktorer som påvirker kvaliteten av et resultat

Forklaring på faktorer som påvirker påliteligheten til et resultat.
Log Score	Biostatisk parameter som reflekterer påliteligheten til en identifikasjon basert på likheten mellom et referansespekter og et prøvespekter. Påliteligheten øker jo høyere denne verdien er.
Log Score indicator	Fargeangivelse som angir konfidensnivået til en identifikasjon gjennom farger som reflekterer Log Score-verdi og plussymboler som reflekterer konfide nsverdi:
Best Match	Organismen med høyeste Log Score
Second Best Match	Organismen med nest høyeste Log Score
Consistency	Benytter de to beste MSP (Main Spectrum) matcher (Best og Second best match) i en kjøring for å beregne en konsistenskategori
Matching Hints	Kommentarer som følger visse identifikasjoner. Den omtaler metodebegrensinger.
Konsistenskategorier	A (Høy konsistens):	Beste match er en høy konfidens identifikasjon (grønn), mens den nest beste match har: - høy konfidens på samme speciesnivå, - lav konfidens på genusnivå - "no id possible".
	B (Lav konsistens):	Beste match har høy konfidens (grønn) eller lav konfidens (gul), mens den nest beste match har: - høy eller lav konfidens på samme genusnivå (men annet speciesnivå) - "no id possible"
	C (Ingen konsistens)	Kravene for høy eller lav konsistens er ikke møtt. F.eks. Forskjellige genusnivå
Eksempler på forskjellige konsistenskategorier
Beste match	Nest beste match	Konsistenskategori
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	E.coli (høy konfidens Genus A, species A)	A
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	E.scherichia fergusonii (Høy konfidens Genus A, species B)	B
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	E.scherichia fergusonii (Lav konfidens Genus A, species B)	A
E.coli (Lav konfidens Genus A, species A)	E.scherichia fergusonii (Lav konfidens Genus A, species B)	B
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	Gardnerella vaginalis (Høy konfidens Genus B, species B)	C
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	Gardnerella vaginalis (Lav konfidens Genus B, species B)	C
E.coli (Høy konfidens Genus A, species A)	No ID	A
E.coli (Lav konfidens Genus A, species A)	No ID	B

Særlige Bemerkninger Knyttet Til Utgivelse Av Funn Og «Matching Hints»

Man skal alltid hensynta «Matching Hints» dersom dette forekommer. Disse gir verdifull informasjon om metodebegrensinger knyttet til korrekt speciesidentifikasjon, som f.eks. pneumokokker, eller genusidentifikasjon som f.eks. E.coli og Shigella. Dette gjelder både mikrober som er vanskelig å skille, samt mikrober som skal svares ut som del av komplekser eller grupper. Se relatert lenke «Matching Hints» under relatert for hvordan disse skal besvares.

Dersom isolat er identifisert etter ny nomenklatur eller omtales under flere navn gir vi ut nytt navn (dersom det er bygd i beaker) og inkluderer nytt/gammelt navn i kommentarfelt. F.eks. «Winkia neuii tidligere kjent som Actinomyces neuii».

Besvarelse av E.coli:

Differensering mellom E. coli, diarefremkallende E. coli og Shigella spp. hos stammer isolert fra fokus utenfor GI-traktus er nødvendig for blodkultur og sterile materialer, samt når det er klinisk mistanke om at stammen har sammenheng med gastrointestinal infeksjon. I slike tilfeller vurderes laktosespalting på MacConkey . Dersom isolatet ikke gir rosa kolonier på MacConkey skal det spres til SS/XLD-agar for å utelukke funn av Shigella. For resultater fra sepsityper må identifikasjon kun rapporteres dersom det ikke foreligger klinikk som gir mistanke om Shigella.

For vurdering av SS/XLD-agar, se ALM-MM-Fæces; Shigella dyrkning

Se ellers aktuelle prosedyrer:

ALM.MM-Fæces; Vurdering og besvaring av funn (Ikke tilgjengelig)

ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

Besvarelse av Neisseria meningitidis

Identifikasjon av N. meningitidis kan aksepteres etter produsents kriterier som foreløpig identifikasjon, særlig ved alvorlig klinikk og/eller isolat fra sterilt område (f.eks. blod og cerebrospinalvæske). Vurder 16S rRNA eller målrettet PCR ved behov for rask avklaring.
For blodkultur og spinalvæske gir vi ut med sannsynlig Neisseria meningitidis, men med kommentar om at stammen er sendt SOH. For annet prøvemateriale gis ut Neisseria spp. og at stammen er sendt SOH.

Ved funn i genitalia vurder mulighet for uretrittassosiert N. meningitidis. Suppler med molekylær testing (16S PCR). (9)

Besvarelse av Streptococcus pneumoniae

Ved identifikasjon som S. mitis, S.oralis, S. pneumoniae eller S. pseudopneumoniae kan disse besvares som S. pneumoniae dersom optochintest, dryspot og/eller morfologi underbygger dette. Eventuell supplering med galletest kan benyttes ved tvil.

Foreløpig besvarelse av S.dysgalacticae på Sepsityper

Før vi har vekst til å utføre agglutinasjonstest, besvares S.dysgalacticae med koden .SDYS («Nærmere identifikasjon og følsomhetsbestemmelse ventes ferdig i morgen. Kan gi samme type infeksjoner som gruppe A streptokokker.»)

Besvarelse av muggsopp

Ved god score skal besvarelse av muggsopp inneholde speciesidentifikasjon, samt tilhørende gruppe eller kompleks dersom dette er oppgitt i «Matching hints».

Med tanke på hva som er bygget i beaker, må man ved noen rapporteringer endre litt på hva som legges i isolatfelt og hva som legges som kommentar. Utgangspunktet er at speciesidentifikasjon legges i isolatfelt, og tilhørende gruppe/kompleks legges i kommentarfelt.

Eks:

«Vekst av Aspergillus tamarii»

«Tilhører Aspergillus flavus komplekset»

Tabell under viser en oversikt over Aspergillus inkludert i databasen. Konferer faggruppe eller medisinsk faglig rådgiver dersom man har funn som ikke er omtalt i tabellen og som har «matching hints».

Tabell 5.0: Besvarelse av Aspergillus sp.

*Besvarelse av Aspergillus* species**
Begrensninger i databasen (Species som ikke kan skilles)	Speciesnavn som rapporteres	Kommentar til svaret (det som står i parentes skal ikke ut i svar)
A. flavus	Aspergillus flavus kompleks	Nærmere bestemt Aspergillus flavus-oryzae gruppen	(Aspergillus flavi gruppen)
A. oryzae
	A. parasiticus	*Tilhører Aspergillus flavus* kompleks**
	A. tamarii
	A. fumigatus	Tilhører Aspergillus fumigatus kompleks	(Aspergillus fumigatus gruppen)
	A. lentulus
	A. nidulans	*Tilhører Aspergillus nidulans* kompleks**	(Aspergillus nidulantes gruppen)
	A. sydowii
	A. unguis
	A. versicolor
	A. brasiliensis	*Tilhører Aspergillus niger* kompleks**	(Aspergillus nigri group)
	A. japonicus
	A. niger
	A. terreus	*Tilhører Aspergillus terreus* kompleks**
	A. calidoustus	*Tilhører Aspergillus usti* gruppen**
	A. ustus
	A. ochraceus	*Tilhører Aspergillus circumdati* gruppen**
	A. sclerotiorum
	A. westerdijkiae
	A. tritici	*Tilhører Aspergillus candidi* gruppen**
	A. ruber	Tilhører Aspergillus aspergillus gruppen
	A. montevidensis
	A.clavatus
	A. lizukae
	A. japonicus
	A. penicillioides
	A. pseudoglaucus
	A. pulvinus
	A. tritici
A. candidus	Aspergillus species (F45 LLH)	Lar seg ikke nærmere identifisere.
A. campestris
A. pragensis
A. subalbidus

Besvarelse av dermatofytter (f.eks. Trichophyton sp., Microsporum sp., Epidermophyton sp.)

Ved funn av dermatofytter bør morfologi sammenholdes med klinikk, prøvelokalitet, resultat ved massespektrometri og eventuelt også resultat fra supplerende tester før prøven besvares. I de tilfellene der korrekt artsidentifikasjon vurderes som klinisk relevant, enten ved alvorlige og/eller uttaltee infeksjoner, eller ved opplysninger om terapisvikt, bør prøven videresendes referanselab for bekreftelse av ID ned til species-nivå (7). Konferer faggruppe eller medisinsk faglig rådgiver ved funn av dermatofytter.

Besvarelse av gjærsopp med ny taksonomi

Det pågår en endring i gjærsopptaksonomi hvor en rekke Candida spp. har endret navn. I tabell 6.0 er det listet opp ny nomenklatur som Bruker har tatt i bruk, med forslag om besvarelse (10)

Tabell 6.0 Besvarelse av visse Candida sp.

ID på MaldiTOF (v. 13)	Besvaring i Beaker	Kommentar til funn
Debaryomyces hansenii	Candida famata	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Debaryomyces hansenii
Meyerozyma guilliermondii	Candida guilliermondii	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Meyerozyma guilliermondii
Pichia cactophila	Candida inconspicua	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Pichia cactophila
Kluyveromyces marxianus	Candida kefyr	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Kluyveromyces marxianus
Pichia kudriavzevii	Candida krusei	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Pichia kudriavzevii
Pichia fermentans	Candida lambica	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Pichia fermentans
Clavispora lusitaniae	Candida lusitaniae	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Clavispora lusitaniae
Wickerhamiella pararugosa	Candida pararugosa	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Wickerhamiella pararugosa
Cyberlindnera jadinii	Candida utilis	Nomenklatur av gjærsopp er under revisjon, nytt foreslått navn: Cyberlindnera jadinii

Svarrapportering

Overføring skjer automatisk til Beaker etter endt kjøring. Kun svar med konsistenskategori A vil overføres. Dersom resultat legges inn manuelt etterrekvireres malditof som egen komponent. For å sikre sporing legges score i kommentarfelt under komponent.

Vedlikehold

Detector Check

Monitorering av detektorens ytelse. Gir mulighet til å kompensere for slitasje ved å regulere spenning (volt).

Operasjonen tar 5 minutter og bør utføres månedlig. På Sirius vil man få automatisk varsel om når det er behov for detektorsjekk, før en kjøring. Hak av ja på dette, så vil test gjennomføres og spenning justeres automatisk etter rutinekjøring.

Source Cleaning

Utføres rutinemessig ukentlig. Se eget vedlikeholdsskjema på teams.

Logg på flexControl (MBT Compass må lukkes først).

Under fanen «Status» velges «Details» og «Start Cleaning». Prosedyren tar ca. 30 minutter.

Bilde 3.0 Oversikt flex-control.

Et bilde som inneholder skjermbilde, programvare, Multimedieprogramvare, tekst

KI-generert innhold kan være feil.

OBS! Under denne operasjonen vil instrumentet kjøre kammeret i ut-posisjon for å frigjøre IR-laseren. Ikke åpne luken så lenge source clean pågår!

Feilsøking

Dersom LED-indikator på fremsiden av instrumentet lyser rødt indikerer dette en feil.

Lukk MBT Compass og åpne FlexControl. Error-meldinger legger seg på bunnlinjen her.

Sjekk om det er noe galt med vakuumet. Gå til status og detaljer. Velg vakuumfanen og “Gauges”. Dersom det er et rødt lys knyttet til «Source High» er det noe galt med vakuumet. Kjør plate ut og sjekk O-ringen og kammeret for partikler. Benytt finger for å rengjøre O-ringen (OBS! Ikke benytt alkohol eller andre desinfeksjonsmidler som kan skade O-ringen). Fjern eventuelt støv i kammeret med q-tips og vann.

Ved behov for fullstending «Shutdown» er det viktig å stenge ned all software og PC. Av/på-knapp finnes på baksiden av instrumentet. Vent 30-60 sekunder før instrumentet skrus på igjen. Vent til LED lyser grønt før PC slås på igjen.

Kontakt support dersom dette ikke hjelper:

Mail:

support.bdal.nordic@bruker.com

Inkluder følgende:

· Instrumentets serienummer: 189021242048

· Instrument statusrapport (Zip fil kan lages i MBT Compass under «Maintenance», «Trouble shooting» og “Create status report”.

· Beskrivelse av feil

Telefon

+46 8655 2520

Oppgi serienummer: 189021242048

Ta kontakt med medisinsk teknisk avdeling for oppkobling av VPN ved behov for fjernstyring (Remote support)

Forfatter:	Solrun Nebb (Fagansvarlig bioingeniør)
Godkjent av:	Geir Kvam (Seksjonsleder) Kjetil Landsem (Avdelingssjef)
Dokumentadministrator:	Solrun Nebb (Fagansvarlig bioingeniør)
Dokument-ID:	37541
Gyldig fra:	10.02.2026
Revisjonsfrist:	10.02.2027

Hensikt

Omfang

Snarveier

Grunnlagsinformasjon

Analyseprinsipp Og Terminologi