Arbeidsbeskrivelse

 

Ansvar

 

Fagbioingeniør, faggruppe II har ansvar for vedlikehold av denne prosedyren.
Alle som er opplært i Campylobacter-dyrkning har ansvar for å følge denne prosedyren.

 

HMS/sikkerhetsinformasjon

 

Fæcesprøver SKAL såes ut i avtrekksskap.
Benytt hansker og smittefrakk ved utsåing av prøver. Jobb i avtrekkskap. Alt av etterarbeid gjøres i avtrekksskap.

 

Ekstern kvalitetskontroll

 

Med. mikrobiologi er med i SLP/ringtestprogrammet til Folkehelseinstituttet.

 

Intern kvalitetskontroll

 

Alle kolber som benyttes til dyrkning av Campylobacter spp skal ha med en vekstkontroll. Gjelder også ved dyrkning ved 35-37°C. Hensikten med kontroller i kolbene er å kontrollere det mikroareofile miljøet i kolbene. C. jejuni vokser optimalt i temperaturer fra 37-42°C.

Kontrollstamme Campylobacter jejuni CCUG 11284 spres på en CCDA-agar. Avleses etter 2 dager, sammen med pasientprøvene. Resultat av vekstkontroll skal føres i skjema som ligger på Teams i mappen kontroller, filnavn: registreringsskjema for daglige og ukentlige kontroller, under fanen CAJE CCUG 11284.

Kontrollstammen tas opp på nytt fra fryseren hver 8. uke. Den nye stammen spres på CCDA-agar som merkes med gul etikett. Når stammen har kommet i vekst spres den på flere CCDA-agarer som også merkes med gule etiketter, og fordeles i de mikroaerofile boksene som er i bruk. Dette skal gjøres for å få byttet ut alle skåler med «gamle» spredninger av kontrollstammen. Ny vekstkontroll skal merkes med gul etikett inntil den nye kontrollstammen er etablert i alle kolber. Deretter kan alle gamle skåler kastes, og man kan slutte å merke kontrollskålene med gule etiketter.

 

FAQ

 

Hva skal vi gjøre dersom det er ingen vekst på vekstkontroll?

Gi beskjed til Fagbioingeniør eller Spesialbioingeniør.
Alle pasientprøver som har stått i samme kolbe skal såes ut på nytt, med ny spredning av kontrollstamme. Ved fortsatt ingen vekst av kontrollstamme etter ny inkubering skal prøven(e) sendes til SOH for PCR.

For besvaring av slike prøver se under kap. svarrapportering.

 

Arbeidets gang

 

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

 

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos. Hvis prøven er innsendt på glass uten preservering, se prosedyre: ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

 

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

CCDA-skåler romtempereres før bruk.

 

Feilkilder og interferens

 

Oksygen kan være toksisk for Campylobacter spp. Vær rask med inkubering i mikroaerofil atmosfære.
Kan gi falsk negativ dyrkning ved mottatt fæcesprøve på glass uten preservering.

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

 

ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

 

 

Videre arbeid/identifisering:

 

Campylobacter spp. vokser på CCDA skål med blanke/brune kolonier, ev. svermende/slørvekst.

Mistenkte/suspekte kolonier undersøkes videre:

·         Våtpreparat: Spiralsnodde bevegelige staver.

·         Maldi-TOF

·         Grampreparat kan vurderes ved dårlig id på MaldiTof.
se: ALM-MM; Automatisk gramfarging med Previ Color Gram

 

Campylobacter spp. er i tillegg:

·         Oxidase: Positiv.

·         Katalase: Positiv.

 

Immunsupprimerte, barn < 5 år, eldre i sykehjem og inneliggende pasienter med stamme
som ikke kan identifiseres til species-nivå skal sendes SOH for nærmere identifisering.

(Diaré med Campylobacter spp. kan utvikle seg til sepsis).

 

Følsomhetsbestemmelse

 

Følsomhetstest utføres på primære funn fra alle inneliggende pasienter og pasienter i kommunale helseinstitusjoner, samt ved langvarig diaré (> 2 uker) hos: barn under skolealder (< 5 år) og immunsupprimerte. Samt på alle funn av Campylobacter spp i blodkultur.

 

Oppsett ved påvist C. jejuni eller C. coli:

Alle disse midler skal settes opp ved følsomhetsbestemmelse.

Antibiotika	Lappediffusjon
Erythromycin	M1
Doxycycline* (Legg på Tetracykline)F	M1
Ciprofloxacin	M2
Azitromyzin*	M2
Klaritromycin*	M2

M1= Førstehåndsmidler.
M2= Andre håndsmidler, besvares kun ut dersom M1 er resistente.

*Følsomhet for doxycycline, utledes fra tetracycline.
*Følsomheten for Azitromyzin og klaritromyzin utledes fra erytromycin.

F: Barn < 12 år særlige forsiktighetsregler gjelder. Vurder om middelet er klinisk relevant før ev rapportering.

Ved behov for utvidet følsomhetsbestemmelse Konferer alltid med mikrobiolog for valg av antibiotika og besvarelse.

For valg av antibiotika ved påvist C. fetus eller andre Campylobacter spp.: Konferer mikrobiolog.
MIC skal da settes opp.

NB det SKAL jobbes i avtrekk ved oppsett av følsomhetsbestemmelse (gjelder for øvrig ALT av etterarbeid på slike stammer):

·         Mikroben slemmes opp i saltvann, 0,5 Mc Farland.

·         Benytt blodskål (Mueller-Hinton Agar med 5% defibrinert blod (MH-β-NAD)) for oppsett av følsomhetsbestemmelse.

·         Skålene tørkes før inkubering for å redusere sverming (15 minutter ved 35 °C, med lokket fjernet).

·         Inkuberes ved 42°C i mikroaerofilt miljø i 24 timer. Husk å ta med kontroll. Ved utilstrekkelig vekst etter 24 timer kan skålene reinkuberes og avleses på nytt etter totalt 40-48 timers inkubering.

·         NB!: Ved påvist C. fetus (eller Campylobacter spp. andre enn C. coli og C. jejuni som ikke vokser tilfredsstillende ved 42°C) gjøres dobbelt følsomhets oppsett, dvs. i 35-37°C og 42°C mikroaerofilt. Inkuberes i respektive inkubatorer som beskrevet i:
ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver
under kap: for immunsupprimerte pasienter med kronisk diaré.

 

Avlesning:

 

Avles soner fra forsiden av skålen uten lokk. Ta hensyn til all vekst som er synlig med det blotte øye, og avles sonen der veksten slutter

For tolkning av sonediameter og MIC Se: NordicAST

Alle sonediameter/MIC-verdier skal legges inn i BEAKER.

NB: Husk at det er ulike brytningspunkter for C. jejuni og C. coli for erythromycin.
Ved flere midler: konferer mikrobiolog.

 

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

 

Alle 1. gangs isolater skal:

·         Meldes elektronisk (skriftlig) og telefonisk til rekvirent.

·         Meldes FHI. Gjøres automatisk i Beaker.

·         Frys: (frysliste) ligger her: I:\HNT - ALM Fellesområde\Driftsenheter\MM\Fryslister: legges i boks 5.

 

Definisjon av nytt funn er > 3 mnd.
Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd. etter siste prøve (gjelder også ved ev. sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.

Funn skal fryses så raskt som mulig.
Skål bør oppbevares i mikroaerofilt miljø (kolbe) inntil prøven er identifisert og frosset.

Stammen skal i tillegg sendes FHI (se kapittel «Ved sending av stammer.» for sendingskriterier):

·         Ved mistanke om utbrudd*

·         Ved opplysning om svært alvorlig klinikk eller/og langvarig diare (>2 uker) hos: immunsupprimerte, barn under skolealder (< 5 år) og eldre i sykehjem.

*Def av mistenkt utbrudd fra FHI:

·         To eller flere tilfeller av samme sykdom som mistenkes å ha felles kilde, eller

·         et antall tilfeller som klart overskrider det man ville forvente
(det endemiske nivået - det normale bakgrunnsnivået av sykdommen)
innenfor et område i et gitt tidsrom.
Kilde: Definisjon av utbrudd FHI

 

 

Konferer ALLTID med mikrobiolog ved slik mistanke.

Svarrapportering

 

Generelt for besvarelse på diaréfremkallende agens; Når ingen diaréfremkallende agens er påvist ved dyrkning av prøven, ta med følgende kommentar til kliniker:

.BEGDIA: Begrenset diagnostikk er utført. Ved fortsatt mistanke om infeksjon, anbefales ny prøve. Ev ny prøve vil videresendes SOH for utvidet PCR-analyse.

Kommentaren skal altså KUN ut til kliniker dersom negativ dyrkning på alle parameter i dyrkningspakken.

Er prøven i tillegg sendt til SOH, skal kommentaren ikke ut.

Kommentaren skal legges inn i rekvisisjonsoppføring under fanen rekv.kommentar.

 

Se også prosedyre: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi.

Negativ dyrkning:

Besvares i fanen kultur: Negativ

Hvis CCDA-skålen er overvokst av andre bakterier
slik at evt. vekst av Campylobacter ikke kan bedømmes,
besvares i kultur fanen: .MOA

Påvist Campylobacter spp.:

Melding til MSIS overføre automatisk i BEAKER
Kommentaren NMSY skal allikevel være med til rekvirent.

Tidligere påvist Campylobacter spp:

Anses som nytt funn ved > 3 mnd. siden siste påvisning.

Vekst av (V)

Legg inn mikrobenavn i kulturfane.

Kommentarer som skal ut i svaret:

.SMITTE

.NMSY

.KJ

 

Nytt funn (se def. over) av Campylobacter spp

Rekvirenten skal ha elektronisk og telefonisk svar ved funn av Campylobacter spp.
Husk kom.logg.

Vekst av (V)

Legg inn mikrobenavn i kulturfane.

Kommentarer som skal ut i svarrapport:

.STFR

NB!: .STFR skal IKKE være med som kommentar dersom prøven besvares med følsomhetsbestemmelse.

.GIIA

.SMITTE

.NMSY

 

Sending av stammer

 

Se prosedyre: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

Kriterier for sending:

Kriterier for sending	Sendes til	Sendes på Copan Eswab m/hvit kork
Ved utbrudd	FHI
Funn i blodkultur
Ved usikker arts identifisering (se kriterier for disse under kap. videre arbeid/ID)	SOH
Ved ingen vekst av kontrollstamme og prøver i samme kolbe.	SOH	Send fæcesprøve(ne) Med eller uten preservering.

 

For rekvisisjon til sending FHI, se under relatert.
Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr.: B0 63.

Når svar fra FHI foreligger:

Konferer også med mikrobiolog før prøven besvares.

Besvares: X-Mikrobiolgi, sendeprøve referanselab svar.	Besvarelse
	I verdifanen velges: se kommentar. Se utklipp under. Manuell kommentarer legges inn i kolonne K.
	Stammen er ikke knyttet til et utbrudd/ Stammen er knyttet til et utbrudd. Kjernegenom MLST CT (Klustertype): Sett inn MLST CT verdi oppgitt fra FHI.

Ved utbrudd vil stammene ha samme MLST CT verdi.

 

Svarene må legges inn manuelt.

Det er foreløpig ikke opprettet kortkoder for besvarelse av slike svar i BEAKER.

 

Alle svar fra FHI skal scannes inn på respektiv(e) pasient(er) i rekvisisjonsoppføring i Beaker.

 

Forklaring av kortkoder:

KODE:	TEKST:
.GIIA	Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles
.KJ	Kjent fra tidligere
MOA	Mikroben lar seg ikke påvise. Mediet er overvokst av annen flora.
.NSMY	MSIS-M: MSIS-melding - klinikermelding skal sendes Hvis ikke klinikermelding er sendt tidligere, skal rekvirerende lege sende elektronisk klinikermelding (https://klinikermelding.fhi.no) eller utfylt meldingsskjema (https://www.fhi.no/msis) per post.
.SMITTE	For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer.
.STFR	Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistensbestemmelse