Arbeidsbeskrivelse

 

Intern kvalitetskontroll

 

Alle lufttette bokser som benyttes til dyrkning av Campylobacter spp skal ha med en vekstkontroll. Gjelder også ved dyrkning ved 35-37°C. Hensikten med kontroller i kolbene er å kontrollere det mikroareofile miljøet i kolbene. C. jejuni vokser optimalt i temperaturer fra 37-42°C.

Kontrollstamme Campylobacter jejuni CCUG 11284 spres på en CCDA-agar. Avleses etter 2 dager, sammen med pasientprøvene. Resultat av vekstkontroll skal føres her  Føring av kontroller (i skjema som ligger på Teams i mappen kontroller, filnavn: registreringsskjema for daglige og ukentlige kontroller, under fanen CAJE CCUG 11284.)

 

Kontrollstammen tas opp på nytt fra fryseren hver 8. uke. Den nye stammen spres på CCDA-agar som merkes med gul etikett. Når stammen har kommet i vekst spres den på flere CCDA-agarer som også merkes med gule etiketter, og fordeles i de mikroaerofile boksene som er i bruk. Dette skal gjøres for å få byttet ut alle skåler med «gamle» spredninger av kontrollstammen. Ny vekstkontroll skal merkes med gul etikett inntil den nye kontrollstammen er etablert i alle lufttette bokser. Deretter kan alle gamle skåler kastes, og man kan slutte å merke kontroll skålene med gule etiketter.

 

FAQ

 

Hva skal vi gjøre dersom det er ingen vekst på vekstkontroll?

Ø  Ved oppvekst av pasientprøver så er ingen tilleggsrutiner påkrevd her. Skriv opp i kontrollskjema at positiv prøve vokste.

Ø  IV på pos prøve. Prøve(r) og kontroll såes ut på nytt og gi beskjed til Fagbioingeniør eller Spesialbioingeniør.

 

Arbeidets gang

 

Prøvematerialet og bearbeidelse av dette

 

Fæces bør helst tas på Cary Blair medium når prøve sendes fra primærhelsetjenesten og sykehuset Namsos.

 

Analyseutstyr og klargjøring av disse

 

CCDA-skåler romtempereres før bruk.

 

Feilkilder og interferens

 

Oksygen kan være toksisk for Campylobacter spp. Vær rask med inkubering i mikroaerofil atmosfære.

Kan gi falsk negativ dyrkning ved mottatt fæcesprøve på glass uten preservering.

 

Fremgangsmåte/Utførelse av analysen

 

Tabell 1.0:

Kriterier	Prøvemateriale	Medier	Inkubering
Positiv PCR dagtid	Fæces (fortrinnsvis med preservering)	CCDA-agar	42°C i inkubator I9
Positiv PCR ettermiddag
Kontrollprøver
Spesiell klinikk	ALM-MM-Fæces; Vurdering, innlapping og primærutsæd av fæcesprøver

 

Positiv PCR og kontrollprøver:

Ø  Fæcesprøve såes ut på CCDA-agar, benytt fortrinnsvis da Carry blair.

Ø  CCDA-agar inkuberes mikroaerofilt, i 2 døgn ved 42°C. I inkubator I9.

 

Videre arbeid/identifisering:

 

Campylobacter spp. vokser på CCDA-agar med blanke/brune kolonier, ev. svermende/slørvekst.

Mistenkte/suspekte kolonier undersøkes videre:

ü  Våtpreparat: Spiralsnodde bevegelige staver.

ü  Maldi-TOF

ü  Grampreparat kan vurderes ved dårlig id på MaldiTof.

se: ALM-MM; Automatisk gramfarging med Previ Color Gram

 

Campylobacter spp. er i tillegg:

·         Oxidase: Positiv.

·         Katalase: Positiv.

 

Ved overvekst av annen flora, så ut fæcesprøven på nytt på CCDA-agar med aztreonam-lapp. Lappen plasseres i overgangen mellom første og andre strøk. Agaren inkuberes ved 42°C i mikroaerofilt miljø i 2 døgn.

Vurdering av vekst i Aztreonam-sone:

De fleste Enterobacterales og Pseudomonas spp er sensitive for aztreonam. Campylobacter er stort sett resistent mot aztreonam, og kan vokse inntil aztreonam lapp.

 

Usikker ID på Maldi-tof:

Immunsupprimerte, barn < 5 år, eldre i sykehjem og inneliggende pasienter med stamme

som ikke kan identifiseres til species-nivå skal sendes SOH for nærmere identifisering.

(Diaré med Campylobacter spp. kan utvikle seg til sepsis).

Våre dyrkningsmetoder for fæcesdiagnostikk påviser ikke C. fetus. Men i sjeldne tilfeller kan denne bli påvist i andre prøvematerialer som f.eks blodkultur, vev mm, se da under respektive kap

 

Følsomhetsbestemmelse

 

Følsomhetsbestemmelse utføres på primære funn fra alle inneliggende pasienter og pasienter i kommunale helseinstitusjoner, samt ved langvarig diaré (> 2 uker) hos: barn under skolealder (< 5 år) og immunsupprimerte. På alle funn av Campylobacter spp i blodkultur og vev, ev andre sterile væsker. For blodkultur/sterile væsker se under svar fra FHI.

Oppsett ved påvist C. jejuni eller C. coli:

Tabell 1.1 Midler det skal testes på:

Antibiotika	Lappediffusjon	Innel. og primærhelsetj.
Erythromycin	M1	Rapporter
Doxycycline* (Legg på Tetracykline)	M1	Rapporter
Ciprofloxacin	M2
Azitromyzin*	M2
Klaritromycin*	M2

M1= Førstehåndsmidler.

M2= Andre håndsmidler, besvares kun ut dersom M1 er resistente.

*Følsomhet for doxycycline, utledes fra tetracycline.

*Følsomheten for Azitromyzin og klaritromyzin utledes fra erytromycin.

Ved behov for utvidet følsomhetsbestemmelse Konferer alltid med mikrobiolog for valg av antibiotika og besvarelse.

For valg av antibiotika ved påvist Campylobacter andre enn Campylobacter jejuni og coli..: Konferer mikrobiolog.

MIC skal da settes opp.

Se også:

ALM-MM-Res; Avlesning av mikrober uten brytningspunkt

 

ALM-MM-Res; Resistensoppsett med agardiffusjonsteknikk og Oxoid-lapper

 

NB det SKAL jobbes i avtrekk ved oppsett av følsomhetsbestemmelse (gjelder for øvrig ALT av etterarbeid på slike stammer):

·         Mikroben slemmes opp i saltvann, 0,5 Mc Farland.

·         Benytt blodskål (Mueller-Hinton Agar med 5% defibrinert blod (MH-β-NAD)) for oppsett av følsomhetsbestemmelse.

·         Inkuberes ved 42°C i mikroaerofilt miljø i 24 timer. Husk å ta med kontroll. Ved utilstrekkelig vekst etter 24 timer kan skålene reinkuberes og avleses på nytt etter totalt 40-48 timers inkubering.

·         NB!: Dersom påvist C. fetus (eller Campylobacter spp. andre enn C. coli og C. jejuni som ikke vokser tilfredsstillende ved 42°C) gjøres dobbelt følsomhets oppsett, dvs. i 35-37°C og 42°C mikroaerofilt. Inkuberes i respektive inkubatorer; I9 42°C og I12 35-37°C.

 

Avlesning:

 

Avles soner fra forsiden av skålen uten lokk. Ta hensyn til all vekst som er synlig med det blotte øye, og avles sonen der veksten slutter

For tolkning av sonediameter og MIC Se: NordicAST

Alle sonediameter/MIC-verdier skal legges inn i BEAKER.

NB: Husk at det er ulike brytningspunkter for C. jejuni og C. coli for erythromycin.

 

Oppfølgende tiltak i forbindelse med svar, melderutiner

 

Alle 1. gangs isolater skal:

v  Meldes elektronisk (skriftlig) og telefonisk til rekvirent.

v  Meldes FHI.

v  Alle funn skal fryses. Skal føres her: Frysskjema I boks 5.

v  Se også: ALM-MM-Bakt; Varsling, frysing og videresending av bakterieisolat.

 

Definisjon av nytt funn er > 3 mnd.

Som 1. gangs isolat regnes isolater påvist > 3mnd. etter siste prøve (gjelder også ved ev. sykdomsresidiv), eller ved mistanke om reinfeksjon.

 

Funn skal fryses så raskt som mulig.

Skål bør oppbevares i mikroaerofilt miljø (kolbe) inntil prøven er identifisert og frosset.

 

Isolat sendes FHI (se kapittel «Ved sending av stammer.» for sendingskriterier):

·         Kun ved mistanke om utbrudd*

*Def av mistenkt utbrudd fra FHI:

·         To eller flere tilfeller av samme sykdom som mistenkes å ha felles kilde, eller

·         et antall tilfeller som klart overskrider det man ville forvente

(det endemiske nivået - det normale bakgrunnsnivået av sykdommen)

innenfor et område i et gitt tidsrom.
Kilde: Definisjon av utbrudd FHI

Det er FHI som overvåker ev utbrudd. FHI kontakter lab dersom de mistenker at meldte funn kan være en del av et pågående utbrudd. Stammen tas da opp fra fryser, såes ut på CCDA agar til sending. Se også; Sending av stammer

 

Svarrapportering

 

Negativ PCR, men dyrket i tillegg mtp spesiell klinikk

 

Ved negativ PCR, men oppvekst på dyrkning mtp spesiell klinikk, konferer fagansvarlig- spesialbioingeniør.

Dersom prøven i tillegg er dyrket mtp spesiell klinikk så skal Campylobacter dyrkning alltid besvares.

 

Negativ dyrkning:

 

Besvares Negativ i kulturfanen.

 

Alle nye funn meldes ved positiv PCR.

Unntak her er ev påvisning av andre Campylobacter enn C. jejuni og C. coli.

 

Positiv PCR

 

Negativ dyrkning:

NEG

.STVD (kommer automatisk opp når kulturfanen besvares negativ).

Ved overvekst av annen flora erstattes .STVD med

.MOA (dersom ingen vekst i Aztreonam-sone).

 

Nytt funn:

V

Campylobacter (gis ut på species nivå).

.GIIA (skal ikke ut dersom følsomhetsbestemmelse gis ut).

.STFR (skal ikke ut dersom følsomhetsbestemmelse gis ut).

.SMITTE

.NMSY

 

Kontrollprøver:

 

Tabell 1.2

Positiv	V
	Legg inn ID .SMITTE .KJ
	Fjern flagget for meldepliktig
Negativ	NEG

 

Sending av stammer

 

Se prosedyre: ALM-MM-Mottak; Sending av prøver

Kriterier for sending:

Tabell 1.3

Kriterier for sending	Sendes til	Sendes på Copan Eswab m/hvit kork
Ved utbrudd	FHI
Funn i blodkultur/sterile materialer
Ved usikker arts identifisering (se kriterier for disse under kap. videre arbeid/ID)	SOH

 

For rekvisisjon til sending FHI, se under relatert.

Egne adresselapper til FHI er utarbeidet og finnes i folder på vegg rom.nr.: B0 63.

For ev sending til SOH rekvireres denne i Beaker.

 

Når svar fra FHI foreligger:

Konferer også med mikrobiolog før prøven besvares.

Prøvesvar skal resultatkorrigeres når svar fra FHI foreligger.

Alle svar skal i tillegg ha med kommentaren:

.FBRE

Blodkultur/sterile materialer:

Legg inn fullstendig svar fra FHI. Dersom det er ulikheter på følsomhetsbestemmelse korrigeres dette.

Husk å legge på aktuelle kommentarer, se tabell 1.4.

Tabell 1.4

Kriterier ved besvarelse fra FHI	KODE UT I SVARRAPPORT
Id bekreftet av referanselaboratoriet	.FBRE
Samsvar av følsomhetsbestemmelse	.REL
Avvik av følsomhetsbestemmelse	.RER

 

Ved utbrudd:

Når endelig svar foreligger skal følgende kommentarer være med:

 

Tabell 1.5

Besvares: X-Mikrobiolgi, sendeprøve referanselab svar.	Besvarelse
	I verdifanen velges: se kommentar. Se utklipp under. Manuell kommentarer legges inn i kolonne K.
	Stammen er ikke knyttet til et utbrudd/ Stammen er knyttet til et utbrudd. Kjernegenom MLST CT (Klustertype): Sett inn MLST CT verdi oppgitt fra FHI.

Ved utbrudd vil stammene ha samme MLST CT verdi.

 

Legg inn: Se kommentar

Og besvar prøven i kommentarfelt.

Svarene må legges inn manuelt.

Det er foreløpig ikke opprettet kortkoder for besvarelse av slike svar i BEAKER.

 

Svarrapport skal scannes inn i rekvisisjonsoppføring, for HP scannes inn i resultatregistrering.

Papirsvar skal kastes i NEI boks etter scanning. 

Se også: ALM-MM-Admin; Svarrapportering ved Lab. for medisinsk mikrobiologi. 

 

Forklaring av kortkoder:

Tabell 1.6

KODE:	TEKST:
.FBRE	Id bekreftet av referanselaboratoriet
.GIIA	Gir infeksjon som vanligvis ikke skal antibiotikabehandles
.KJ	Kjent fra tidligere
MOA	Mikroben lar seg ikke påvise. Mediet er overvokst av annen flora.
.NSMY	MSIS-M: MSIS-melding - klinikermelding skal sendes Hvis ikke klinikermelding er sendt tidligere, skal rekvirerende lege sende elektronisk klinikermelding (https://klinikermelding.fhi.no) eller utfylt meldingsskjema (https://www.fhi.no/msis) per post.
.REL	Samsvar av følsomhetsbestemmelse
.RER	Avvik av følsomhetsbestemmelse
.SMITTE	For smittevern, se Folkehelseinstituttets smittevernveileder og/eller helseinstitusjonens egne smittevernprosedyrer.
.STFR	Stammen er frosset dersom det er ønskelig med resistensbestemmelse
.STVD	Stammen lar seg ikke påvise ved dyrkning.